La ''pandémie grippale'' 2009 n'était pas une pandémie !

 

Il est admis qu'un virus pandémique se caractérise par sa capacité à éliminer tous ses concurrents. Ainsi, le virus H2N2 de type A avait éliminé le H1N1 de 1918 au cours de la pandémie de 1957. Puis le H3N2 de type A éliminera à son tour le H2N2 au cours de la pandémie de 1968. Ce critère est considéré par les experts de la grippe comme la signature d'une pandémie comme le confirme par exemple Antoine Flahault au cours de audition à l'Assemblée nationale 27/04/2010. Compte rendu page 5 [1]  :

 

« Nous avons ainsi assisté, sur toute la planète, au remplacement de toutes les souches virales en circulation par la souche H1N1 pandémique. Désormais, il n’existe presque plus de virus H3N2 et H1N1 saisonniers, ce qui est une signature pandémique très claire : à chaque pandémie, la nouvelle souche remplace totalement les souches précédentes. »

 

Deux ans plus tard il devient possible de vérifier si ce critère est bien satisfait c'est à dire si le H1N12009 a effectivement éliminé les virus grippaux qui circulaient auparavant, en particulier le H3N2 très dominant en France avant 2009 et un virus de type B. Au cours de l'hiver 2011-2012 et selon le bilan publié dans le bulletin grippe de l'InVS [2] du 4 avril 2012 (voir annexe), c'est le H3N2 qui a largement dominé les débats avec 72% contre seulement 3% au H1N12009, 22% pour des virus A non typés et 3% pour le type B alors que ce dernier avait été le plus fréquemment observé au cours de la saison grippale 2010-2011, devançant sensiblement le H1N12009 qui était annoncé comme devant être très dominateur.

 

Que faut-il en conclure ? Que la grippe 2009 n'était pas une pandémie !!!

 

Annexe

« La distribution des virus dans la population générale est étudiée à partir des prélèvements réalisés par le Réseau des Grog qui a permis d’identifier 1 330 virus grippaux depuis le début de la surveillance. Ils se répartissent de la façon suivante :

- 97% virus grippaux de type A : 72% A(H3N2), 3% A(H1N1)pdm09, 22% A non sous-typés,

- 3% virus grippaux de type B.

Parmi les virus A(H3N2), une circulation majoritaire de virus antigéniquement variants par rapport à la souche vaccinale A/Perth/16/2009 est observée.

Parmi les virus B pour lesquels la détermination de lignage a été réalisée (n=28), 16 sont de lignage B Yamagata. »

 

[1] http://www.assemblee-nationale.fr/13/pdf/cr-cegrippea/09-10/c0910015.pdf

[2] www.invs.sante.fr

 

Il faut vacciner dès aujourd'hui contre la prochaine pandémie par le H2N2 !!!

 

 

Voici la surprenante proposition faite par 3 chercheurs américains dans la revue Nature et reprise par exemple par le site canadien cyberpresse.ca :

 

« Les gouvernements devraient entamer dès maintenant la vaccination contre une souche grippale qui pourrait être à la source de la prochaine pandémie, la H2N2. Telle est la proposition faite ce matin dans le magazine Nature par trois chercheurs du prestigieux Centre de recherche sur les vaccins des Instituts nationaux de la santé des États-Unis. »

 

Rappelons que par la pandémie de 1957 le H2N2 avait supplanté le H1N1 qui s'était imposé auparavant avec la pandémie de 1918 avant de se faire à son tour éliminer par le H3N2 au cours de la pandémie de 1968. Depuis il ne circule plus. Mais ces chercheurs font remarquer qu'en raison de cela, seules les personnes ayant rencontré ce virus entre 1957 et 1968 pourraient être encore immunisées et qu'il serait donc très opportun de vacciner contre le H2N2 !!!

 

Pour défendre leur idée ces chercheurs (mais où ont-ils la tête ?) font observer qu'une vaccination massive d'urgence est très couteuse et d'acceptation délicate. Aussi, ils pensent que vacciner tranquillement chaque année une partie de la population contre un virus qui ne circule plus se ferait plus facilement. A voir...

Fort heureusement ils ne font pas que des adeptes parmi les spécialistes, certains faisant remarquer que personne ne sait quel sera le virus de la prochaine pandémie ni quand elle se produira. On attendait le H5N1 venu des poulets d'Asie et on a eu le H1N1 venu du porc du Mexique...

 

Difficile d'échauder des chercheurs en vaccinations, ils ont toujours de nouvelles idées de plus en plus lumineuses ...

Dans son édition du vendredi 11 mars le journal Le Monde avait commenté cette idée avec un dessin humoristique et les appréciations de Bruno Lina qui note que cette vaccination pourrait porter atteinte aux stratégies vaccinales dans leur ensemble. Quant à  Jean-François Delfraissy, directeur de l'Institut de microbiologie et maladies infectieuses à Paris, il note charitablement  l'idée intéressante mais non validée.

 

 

Fin de l'épidémie de grippe

 

Dernière minute (4 mars 2011) : Composition des vaccins grippaux pour 2011-2012 pour l'hémisphère Nord :

"Il est recommandé d’utiliser les virus suivants pour les vaccins
au cours de la saison grippale 2011 2012 (hiver de l’hémisphère
Nord):
– un virus de type A/California/7/2009 (H1N1);
– un virus de type A/Perth/16/2009 (H3N2);
– un virus de type B/Brisbane/60/2008."

Voir le REH du 4 mars 2011 qui confirme l'importance de la grippe B :

"L’activité de la grippe B a augmenté au Canada, aux États-Unis et dans de nombreux pays européens en décembre et en janvier. Le virus grippal B a prédominé en Fédération de Russie, en Norvège et en Ukraine. Des flambées régionales ou étendues ont été notifiées par l’Algérie et Israël en décembre et en janvier."

 

Cet article est réactualisé chaque semaine pour tenir compte des nouvelles évolutions de la grippe. Les modifications sont effectuées en fonction des publications des différents bulletins Grog, Sentinelles, InVS chaque mercredi.

 

Analyse de l'épidémie de grippe dans un nouvel article :

" Prévisions grippales : le réseau Sentinelles jette l'éponge !"

 

Semaine 09 du 28 février au 6 mars 2011

Bulletin Grog :

«Fin de l'épidémie

L’activité grippale est revenue à des valeurs pré-épidémiques dans toutes les régions françaises même si des virus grippaux continuent de circuler.

• Les détections et isolement de virus grippaux sont en baisse régulière, cette baisse étant plus marquée pour le virus grippal B qui circulait de façon majoritaire depuis le début du mois de février. »

Réseau Sentinelles

« Surveillance des syndromes grippaux

En France métropolitaine, la semaine dernière, l’incidence des cas de syndromes grippaux vus en consultation de médecine générale a été estimée à 96 cas pour 100 000 habitants (soit 61 000 nouveaux cas), en-dessous du seuil épidémique (141 cas pour 100 000 habitants).

 

L’épidémie de grippe est terminée en France : l’activité de la semaine 2011s08 s’étant consolidée à 126 cas pour 100 000 habitants, en-dessous du seuil épidémique (149 cas pour 100 000 habitants), l'épidémie aura donc duré 9 semaines (de la semaine 2010s51 à 2011s07).

 

Premier bilan de l'épidémie 2010-2011

Durant cette période, 2 200 000 personnes auraient consulté leur médecin généraliste pour un syndrome grippal.

Concernant les cas rapportés, l’âge médian a été de 20 ans et les hommes ont représenté 49% des cas. »

 

Parmi les cas de syndromes grippaux de ces 9 semaines d’épidémie, le nombre de consultations attribuables . à la grippe a été estimé à 1 638 000.

Les tableaux cliniques rapportés par les médecins Sentinelles n’ont pas présenté de signe particulier de gravité.»

Bulletin InVS

"Fin de l’épidémie de grippe mais le virus circule encore : de petits foyers ou des cas sporadiques de grippe sont toujours possibles.

Cas graves

L'InVS note depuis le début de l'épidémie 752 cas graves dont 64 vaccinés (8,5%) et  126 décès. 413 cas ont été  attribués au A(H1N1)v, 78 au type B, 11 au H3N2."

 

Voici l'évolution des différentes grippes H1N1, B et H3N2 que je tire à la fois des prélèvements Grog  (voir le tableau plus loin) et de l'estimation Sentinelles du nombre de consultations pour grippe au cours de la semaine 04. Les résultats sont sous réserve pour les raisons exposés plus loin mais cela peut quand même donner des indications intéressantes.

 

 

Semaine	Type A(H1N1)v	Type B	Type H3N2	Total des cas
51-2010	39552	49759	12760	111000
52-2010	81974; +42422	80192;+37433	16038; +3278	208500
01; 2011	100704; +18730	86605;+6413	26183; +10145	286000
02;2011	113115; +12411	114623; +13919	19607; -6576	276000
03; 2011	101957; -11158	103700; -10923	9586; -10021	244000
04; 2011	102029; +72	116006; +12306	6988; -2598	239000
05; 2011	109842; +7813	117446; +1440	16899; +9911	267000
06; 2011	86062; -23780	89404; -28042	4178; -12721	188000
07; 2011	30177; -55885	79412; -9992	3971; -207	135000

La semaine 07 confirme que le virus de type B est bien le plus fréquent pour cette saison 2010-2011, ce qui sera sans doute le fait dominant et le plus inattendu mais que les réseaux de surveillance évitent de  souligner.

On voit aussi qu'après plusieurs semaines en plateau les 3 grippes principales décroissent nettement comme l'indiquent les réseaux Grog et Sentinelles. Le type B reste toujours plus fréquent que le A(H1N1)v. Ces constats correspondent tout à fait aux commentaires fait pas les réseaux de surveillance, en particulier par le fait qu'ils ne disent plus que le H1N1 serait dominant …

Les réseaux de surveillance (Sentinelles, Grogs...) suivent les syndromes grippaux (SG)  ou les infections respiratoires aigües (IRA) et parlent de LA grippe mais ne cherchent pas à faire le suivi épidémiologique des différentes grippes. Ce serait pourtant tout particulièrement important cette année où au moins 3 virus grippaux se manifestent avec une certaine importance : les virus de type B, de type A(H1N1)v et A(H3N2).

 

Cependant, à partir d'un échantillon, le réseau Grogs analyse ces prélèvements pour espérer obtenir une répartition des différents types parmi les malades. Mais ils ne suivent pas directement l'évolution de chaque type.

 

Aussi, j'ai essayé de le faire à partir de leurs données publiées (site InVS). Voici les résultats :

 

 

Semaine	Type A(H1N1)v	Type B	Type H3N2	Taille échantillon
51-2010	31	39	10	87
52-2010	46	45	9	117
01; 2011	50	43	13	142
02; 2011	75	76	13	183
03; 2011	117	119	11	280
04; 2011	73	83	5	171
05; 2011	130	139	20	316
06; 2011	103	107	5	225
07; 2011	38	100	3	170
Total final	832 ;  40%	958;  46,1%	125;  6%	2080

 Le total depuis le début de l'épidémie indique une plus grande fréquence du type B par rapport au H1N1v dans l'échantillon Grog de 2054 virus testés

 

 

 Les résultats des tableaux sont sous réserve pour la raison suivante déjà expliquée : les Grogs, par le relai de l'InVS (son bulletin hebdomadaire sur la grippe) donnent un échantillon cumulé depuis le début de la surveillance. Par différence, j'en déduis les nombres par semaine. Mais, en raison des délais des analyses, ces différences peuvent ne pas correspondre à la réalité, certains virus ayant pu être typés plus rapidement que d'autres. Je ne peux pas le savoir. Ce serait à notre système de surveillance de le faire. J'indique seulement une méthode et ce qu'on pourrait en tirer.

Pour illustrer cela, supposons que 5 virus prélevés en semaine 01 n'aient pu être typés à ce moment là mais seulement pour les résultats de la semaine 02 et qu'ils soient de type H1N1. Cela ferait alors en réalité 55 virus de ce type pour la semaine 01 contre 70 pour la semaine 02. Cela ne change pas les tailles des échantillons de virus testés chaque semaine.  En reportant dans le tableau  qui suit selon le calcul indiqué  ci-dessous on trouve alors 110775 cas en semaine 01 contre 105574 pour 02, soit le pic en 01.
 

Cette réserve faite, j'ai pris les estimations Sentinelles moyennes des consultations attribuables à la grippe pour ces 3 semaines successives  : 111000 cas en semaine 51,  208500 cas en 52, 286000 en semaine 01 de 2011 et 276000 en seconde semaine.

J'ai alors reporté les proportions des différents virus sur ces nombres (111000x31/87=39552 etc). Les résultats se trouvent dans le tableau présenté maintenant au début de cet article et complété chaque semaine.

 

Semaine 08 du 21 au 27 février 2011

Bulletin Grog :

« La décrue

L’activité grippale poursuit sa décroissance en France métropolitaine.
Les virus grippaux A(H1N1)2009 et B continuent de co-circuler.

• Le seuil épidémique défini par le Réseau des GROG reste franchi au plan national ainsi qu’en Alsace, Bourgogne, Bretagne, Franche-Comté, PACA et Rhône-Alpes.
• Le Réseau des GROG estime que parmi les 987.000 personnes ayant consulté la semaine dernière un médecin pour infection respiratoire aiguë, la part de la grippe représente 449.000 cas (données non consolidées).
• Les vacances scolaires en cours devraient favoriser la fin progressive de l’épidémie.

Réseau Sentinelles

« Surveillance des syndromes grippaux

l’incidence des cas de syndromes grippaux vus en consultation de médecine générale a été estimée à 154 cas pour 100 000 habitants (soit 98 000 nouveaux cas), juste au-dessus du seuil épidémique (149 cas pour 100 000 habitants).

Selon le modèle de prévision, le niveau d’activité pourrait passer sous le seuil épidémique cette semaine.

Estimation de la part attribuable à la Grippe

Le nombre de consultations attribuables à la grippe parmi les consultations pour syndromes grippaux est estimé à 49 000 »

 Bulletin InVS

 

Diminution des taux d’incidence des consultations pour grippe pour latroisième semaine consécutive, juste au-dessus des seuils épidémiques

• Diminution du nombre de passages et des hospitalisations aux urgences

• Diminution du nombre de cas graves admis en réanimation »

 

 

 

 

 

Semaine 07 du 14 au 20 février 2011

Bulletin Grog :

« Épidémie en baisse

• Les virus B et A(H1N1) sont toujours épidémiques mais leur activité diminue. Actuellement près d’un prélèvement rhinopharyngé sur deux effectué par les vigies du Réseau des GROG est positif pour la grippe.

• La grippe reste épidémique dans toutes les régions de France métropolitaine sauf en Aquitaine, Basse-Normandie, Centre, Haute-Normandie, Ile-de-France, Picardie et Nord-Pas-de-Calais.

• Le Réseau des GROG estime que parmi le 1,2 million de personnes ayant consulté la semaine dernière un médecin pour infection respiratoire aiguë, la part de la grippe représente 614.000 cas (données non consolidées). »

Réseau Sentinelles

« Surveillance des syndromes grippaux

En France métropolitaine, la semaine dernière, l’incidence des cas de syndromes grippaux vus en consultation de médecine générale a été estimée à 296 cas pour 100 000 habitants (soit 187 000 nouveaux cas) au-dessus du seuil épidémique (154 cas pour 100 000 habitants).

Estimation de la part attribuable à la Grippe

Grâce à un modèle de régression périodique appliqué aux données historiques de surveillance, le réseau Sentinelles estime, pour chaque semaine, la part attribuable à la grippe parmi les consultations pour syndromes grippaux.

 

Le nombre de consultations attribuables à la grippe parmi les consultations pour syndromes grippaux est estimé à 135 000 »

Bulletin InVS 

"Baisse des taux d’incidence des consultations pour grippe pour la deuxième semaine consécutive

• Diminution des passages et des hospitalisations aux urgences

• Diminution du nombre de cas graves admis en réanimation.

 

Semaine 06 du 7 au 13 février 2011

Bulletin Grog :

« Grippe A(H1N1) en baisse. Grippe B : pic franchi

 
• L’épidémie de grippe A(H1N1)2009 décroît dans toutes les régions.

• L’épidémie de grippe B semble avoir atteint son pic : elle ne progresse plus qu’en Bourgogne, Centre et Nord-Pas-de-Calais.

• Le Réseau des GROG estime que parmi le 1,4 million de personnes ayant consulté la semaine dernière un médecin pour infection respiratoire aiguë, la part de la grippe représente 711.000 cas (données non consolidées).

• Le Réseau des GROG estime que les grippes A et B ont déjà touché 7 millions de personnes depuis le début de l’épidémie."

Observons que pour la première fois le réseau Grog distingue nettement les 2 grippes dominantes. C'est un bon point !

 

Réseau Sentinelles

« Surveillance des syndromes grippaux

 

En France métropolitaine, la semaine dernière, l’incidence des cas de syndromes grippaux vus en consultation de médecine générale a été estimée à 387 cas pour 100 000 habitants (soit 245 000 nouveaux cas) au-dessus du seuil épidémique (161 cas pour 100 000 habitants).

Selon le modèle de prévision, le niveau d’activité devrait continuer de diminuer cette semaine.

 

Estimation de la part attribuable à la Grippe

Grâce à un modèle de régression périodique appliqué aux données historiques de surveillance, le réseau Sentinelles estime, pour chaque semaine, la part attribuable à la grippe parmi les consultations pour syndromes grippaux.

Ainsi pour la semaine 2011s06, le nombre de consultations attribuables à la grippe parmi les consultations pour syndromes grippaux est estimé à 188 000,

Bulletin InVS 

 

"Baisse des consultations pour grippe dans la majorité des régions

Poursuite de la diminution du nombre de cas graves admis en réanimation et du nombre d’épisodes d’infections respiratoires aiguës en collectivités de sujets âgés

 

Légère augmentation des hospitalisations aux urgences à surveiller. 

La proportion de positivité des prélèvements Grog pour la grippe commence à diminuer.

 

 

 

Semaine 05 du 31 janvier au 6 février 2011

Bulletin Grog :

« Pas de vacances pour la grippe

Selon les données du Réseau des GROG - semaine 2011/05, du lundi 31 janvier au dimanche 6 février 2011 :
• Les indicateurs GROG d’activité clinique et virologique restent au-dessus du seuil épidémique en France métropolitaine.

• L’activité grippale augmente encore en Alsace, Basse-Normandie, Centre, Champagne-Ardenne et dans la moitié sud de la France tandis qu’elle décroît ou reste en plateau dans les autres régions.

• Les virus A et B co-circulent toujours, avec prédominance du virus B chez les enfants et du virus A chez les 15-64 ans. »

 

Réseau Sentinelles

« Surveillance des syndromes grippaux

 

En France métropolitaine, la semaine dernière, l’incidence des cas de syndromes grippaux vus en consultation de médecine générale a été estimée à 518 cas pour 100 000 habitants (soit 327 000 nouveaux cas) au dessus du seuil épidémique (167 cas pour 100 000 habitants).

Selon le modèle de prévision, le niveau d’activité devrait baisser cette semaine. Toutefois, cette tendance pourtant prédite depuis trois semaines ne s’est pas confirmée pour l’instant.

Cette discordance entre données prédites et observées pourrait s’expliquer par la forme inhabituelle de la courbe épidémique (aspect en plateau plutôt qu’en pic), rarement observée dans l’historique du réseau Sentinelles et donc mal prédite par le modèle qui repose sur les données historiques.

Estimation de la part attribuable à la Grippe

Pour la semaine 05, le nombre de consultations attribuables à la grippe parmi les consultations pour syndromes grippaux est estimé à 267 000 »

Bulletin InVS 

 

 

« Activité grippale toujours soutenue en médecine de ville avec disparité régionale importante

• Diminution du nombre des hospitalisations aux urgences et du nombre de cas graves admis en réanimation

• Poursuite de la diminution du nombre des épisodes d’infections respiratoires aiguës en collectivités de sujets âgés.

 

Cas graves

L'InVS note depuis le début de l'épidémie 534 cas graves dont 43 vaccinés (8%) et 63 décès. 293 ont été  attribués au A(H1N1)v, 43 au type B, 8 au H3N2.»

 

 

Semaine 04 du 24 au 30 janvier 2011

Bulletin Grog :

« Les indicateurs GROG d’activité clinique et virologique restent au-dessus du seuil épidémique en France métropolitaine.
• L’activité grippale augmente encore dans les régions du sud (Languedoc-Roussillon, PACA et Rhône-Alpes) et continue sa décroissance dans les régions de France Nord touchées plus précocement.
• Les virus A et B co-circulent toujours, avec prédominance du virus B chez les enfants et du virus A chez les 15-64 ans. »

 

Réseau Sentinelles

Surveillance des syndromes grippaux

« En France métropolitaine, la semaine dernière, l’incidence des cas de syndromes grippaux vus en consultation de médecine générale a été estimée à 479 cas pour 100 000 habitants (soit 303 000 nouveaux cas) au dessus du seuil épidémique (171 cas pour 100 000 habitants).

Selon le modèle de prévision basé sur les données historiques, l’activité des syndromes grippaux devrait diminuer cette semaine.

 

Concernant les cas rapportés, la semaine dernière, l’âge médian était de 16 ans (9 mois à 86 ans); les hommes représentaient 49% des cas. Les tableaux cliniques rapportés par les médecins Sentinelles ne présentaient pas de signe particulier de gravité. Le pourcentage d’hospitalisation a été estimé à 0,6%. »

 

Le nombre de consultations attribuables à la grippe parmi les consultations pour syndromes grippaux est estimé à 239 000 »

 

 

Bulletin InVS

« Le taux d'incidence des consultations pour grippe clinique à partir des données du réseau unifié de grippe (données conjointes du réseau des Grog et Sentinelles) est de 651/100000 [95% IC: 626-676] en hausse par rapport à la semaine précédente.

Six régions, essentiellement au Nord-Ouest du pays semblent avoir passé le pic alors que le taux d’incidence des consultations pour grippe est toujours en phase d’augmentation dans beaucoup de régions de la moitié sud du pays.

Les incidences des consultations, toujours au-dessus des seuils, sont en « plateau » pour le réseau Sentinelles de l’Inserm (Figure 3) et ont tendance à augmenter pour le Réseau des Grog.

l’évolution de la proportion de positivité des prélèvements Grog pour la grippe est en légère diminution depuis la semaine 02/2011 »

 

 

Semaine 03 du 17 au 23 janvier :

Bulletin Grog

"Dans toutes les régions de France métropolitaine l’activité grippale reste intense, même si l’épidémie semble commencer sa décrue dans les régions touchées le plus précocement (Basse-Normandie, Ile-de-France, Nord-Pas-de-Calais)."

"Les détections et isolements de virus grippaux restent très nombreux dans les prélèvements effectués par les médecins vigies GROG. Au cours des 4 dernières semaines, virus A et B ont co-circulé (58% de A et 42% de B parmi les positifs), les virus A(H1N1)2009 restant dominants parmi les virus A."

Mon commentaire : c'est une façon de dire que le virus B est au moins à égalité avec le H1N1 comme on le constatait les semaines précédentes et comme on pourra sans doute le constater avec le bulletin InVS de la semaine 03.

Réseau Sentinelles :

Il estime à 490 pour 100000 le nombre de syndromes grippaux contre 542 (données non consolidées) la semaine précédente. En données consolidées, pour être comparables, l'évolution depuis la semaine 52 est :

       363, 499, 490 en semaine 02 indiquant un pic en 01.

Comme les données consolidées ont toujours été inférieures, jusqu'à présent aux données consolidées et que les données non consolidées sont 490 pour la semaine 03 on peut s'attendre à une diminution sensible.

Parmi les consultations pour syndromes grippaux il estime la part attribuable à la grippe à 244000.  La succession depuis la semaine 52 est :

208500,  286000,  276000, 244000 indiquant un pic en semaine 01.Cependant, le pic est décalé selon les régions.

 Bulletin InVS  :

http://www.invs.sante.fr/surveillance/grippe_dossier/points_grippe/2010_2011/Bulletin_grippe_260111.pdf

Les données virologiques publiées dans ce bulletin et collectées par les Grog confirment l'impression laissée par la formulation du bulletin Grog : le virus B est le plus fréquent. Disons que H1N1 et B restent à égalité comme on le constate depuis plusieurs semaines et comme le réseau Grog n'aime visiblement pas le dire...ça agace ce virus qui  nargue un peu le H1N1 et surtout les prévisionnistes qui n'avaient pas du tout imaginé cela, c'est le moins qu'on puisse dire ! D'ailleurs le bulletin InVS écrit :

 

« Sur l’analyse des prélèvements hebdomadaires, les proportions de virus A(H1N1)v et B sont maintenant comparables. »

Pour le détail des chiffres, voir les tableaux complétés plus loin. Ils montrent clairement que les 3 grippes B, H1N1 et H3N2 régressent au moins depuis la semaine 02.

Semaine 02 et précédentes :

 

Premier constat :

 

Contrairement à ses prédécesseurs, le bulletin grippe InVS de la semaine 02 est codé, ce qui ne permet plus de faire de copiés-collés. Ainsi, la phrase :

« La distribution du virus dans la population générale est étudiée à partir des prélèvements réalisés par le Réseau des Grog. »

devient :

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Et vive la démocratie sanitaire, la circulation et l'analyse de l'information !!!

Pourtant, l'Institut de veille sanitaire (InVS) est une agence de l'État sans but commercial...Pendant ce temps, la Société française de santé publique organise son colloque de novembre sur la thématique de la démocratie sanitaire et de l'expertise profane :

"Le fait le plus significatif de notre époque réside sans doute dans la prise de parole, d’initiatives et d’interventions des patients, de leurs proches et de manière plus large des usagers et des citoyens donnant plus de vie et de sens à ce qui est appelé la démocratie sociale, la démocratie participative et/ou la démocratie sanitaire ?

Nous vous attendons nombreux à Lille pour débattre et échanger ensemble !".

Mais pour faire quoi ? Parler SUR la démocratie sanitaire ou pour la VIVRE ? Ils ont peur de quoi ?

Constat : le bulletin de la semaine 03 n'est plus codé, comme quoi ça sert de protester ! Je n'ai sans doute pas été le seul !!!

Auparavant, cet article(12 janvier 2011) s'intitulait : "La grippe de type B a probablement dépassé son pic" mais j'avais fait une erreur numérique sur les reports de chiffres.

Dans son bulletin de la semaine 02 (19/01/2011), le réseau Grog pense que le pic de la grippe H1N1 a été atteint en semaine 02. Le réseau Sentinelles indique une légère diminution des consultations attribuables à la grippe (276000 au lieu de 286000). Pour penser ainsi que le pic était atteint, c'est sans doute qu'ils observaient déjà une diminution. Ce qui rend crédible que le pic était un peu avant.

 

12 janvier 2011 :

A propos du pic marquant la décrue d'une épidémie grippale, les données publiées le 12 janvier 2011 par les réseaux Sentinelles, Grogs et l'InVS semblent suggérer :

1- que la grippe de type B aurait atteint son pic la première semaine de 2011 ;

2- que celle par le (H1N1)v  l'aurait aussi atteint la même semaine ;

3- que la grippe H3N2 pourrait encore poursuivre sa progression.

Il est possible que le pic de la grippe A(H1N1)v ait été atteint en semaine 01 de 2011.

19 janvier 2011:

Les données suggèrent :

1- Que la grippe de type B serait au moins aussi présente que celle par le type A(H1N1)v et qu'elle n'avait pas atteint son pic la semaine précédente.

2- Que la grippe A(H1N1)v aurait moins progressé mais aurait donné plus de cas qu'en semaine précédente.

3- Que la grippe H3N2 aurait atteint son pic la semaine précédente.

Ces affirmations sont assez différentes de celles que je donnais avec les données du 12 janvier. Il faut évidemment être réservé car je n'ai pas toutes les données : en particulier il existe une partie importante de virus de  type A non typés mais qui peuvent l'être la semaine suivante. Il est possible que ce soit pour cette raison que les chiffres communiqués sont ceux cumulés depuis le début des observations. Ainsi, des virus non encore typés B ou H1N1 en semaine 01 ont pu l'être en semaine 02. Par différences, je les attribue à la semaine 02 alors qu'ils ont été prélevés en 01. Ceci pourrait expliquer cela, mais ça vaut quand même le coup de chercher. Ce serait évidemment à notre système de surveillance de faire ce travail. Voir les tableaux plus loin.

D'ailleurs le bulletin 02 indique que le nombre de passages aux urgences et hospitalisations a diminué depuis la semaine dernière, ce qui donne une indication que les pics des différentes grippes pouvaient malgré tout être la semaine dernière (01).

Notons aussi qu'il y avait 23 vaccinés parmi les 290 cas graves recensés à ce jour.

 

 

 

Le bulletin InVS (semaine 02) affirme  que depuis la semaine 52 le virus H1N1 reste majoritaire dans les prélèvements : on constate que ce n'est pas vrai : il est pratiquement à égalité avec le type B !

Aujourd'hui, 2 février 2011, on constate que le virus B est  plus fréquent que le A(H1N1)v. En données cumulées depuis le début il en a été trouvé 488 contre 431 sur un échantillon de 1133 virus.

Mon rôle n'est pas de surveiller la grippe mais ceux qui la surveillent !

 

 

 

 

On y voit que les  grippes de type B et A(H1N1)v connaissent une inflexion en semaine 52, c'est à dire une diminution de la croissance : 42422 cas en plus pour le H1N1, semaine 52, suivi de 18730 cas en plus ; 37433 en plus  pour le type B suivi de 6413 cas en plus.

 

Or, j'ai pu constater sur les courbes d'évolution de la grippe, que quand une inflexion existe pendant la phase de croissance, elle était suivie du pic la semaine suivante. En appliquant cette règle constatée on pourrait dire que les pics pour le H1N1 et le B se seraient produits en semaine 01 de 2011.

Par contre, la grippe H3N2 poursuit encore sa progression. N'oublions pas qu'elle fut dominante jusqu'en 2008-2009. Elle pourrait donc avoir encore une marge de progression.

 

Il n'y a rien d'invraisemblable à ce que les différentes grippes suivent des évolutions décalées dans le temps et c'est probablement ce qui se produit. On ne peut que regretter que nos systèmes de surveillance ne soient pas capables de mieux analyser ce phénomène.

 

Il faut évidemment être prudent en raison des vacances de Noël qui ont pu modifier à la fois l'épidémie et sa surveillance. Et aussi parce que l'évolution de l'épidémie peut être décalée d'une région à une autre. L'an dernier, le pic en Île-de-France avait été atteint fin octobre et un mois plus tard pour les autres régions.

 

Le réseau Sentinelles prévoit le pic global pour la semaine 02 et ne cherche pas à distinguer selon les grippes. Mais une diminution des décès par le H1N1 pourra fournir une indication. Elle a déjà été observée en Île-de-France.

A suivre avec les données de la semaine 02 mercredi prochain 19 janvier.

 

Liste des bulletins InVS (ils renvoient aux Grogs et Sentinelles) :

http://www.invs.sante.fr/display/?doc=surveillance/grippe_dossier/points_actu_2010_11.htm

On peut aussi regarder les courbes Google sur le suivi de la grippe selon la méthode originale du moteur de recherche. portant sur la fréquence des mots clés. Elles indiquent effectivement un pic début janvier, soit semaine 52 de 2010 avec tendance à la baisse sauf Poitou-Charentes et Champagne-Ardennes. Pour le Poitou, cette recrudescence des recherches internet relatives à la grippe pourrait s'expliquer par 2 décès annoncés au cours de la semaine par la presse.

Aux internautes qui liraient certains des commentaires ci-dessous :

Vous pourriez être surpris par le contenu de certains d'entre-eux. Je vous invite alors a aller lire les commentaires qui suivent un article d'Antoine Flahault sur son blog sur la pandémie (continuer coûte que coûte à vacciner ). Vous comprendrez mieux les problèmes qui ont pu nous agiter ici ...

http://blog.slate.fr/h1n1/2010/02/13/continuer-coute-que-coute-a-vacciner/ 

 

Prévisions grippales : le réseau Sentinelles jette l'éponge !

La grippe est pleine de surprises en 2011, jusqu'à contraindre le réseau Sentinelles de surveillance à reconnaître  que ses méthodes de prévisions ne sont pas opérantes (bulletin de la semaine 05 de 2011):

 

« Selon le modèle de prévision, le niveau d’activité devrait baisser cette semaine. Toutefois, cette tendance pourtant prédite depuis trois semaines ne s’est pas confirmée pour l’instant.

Cette discordance entre données prédites et observées pourrait s’expliquer par la forme inhabituelle de la courbe épidémique (aspect en plateau plutôt qu’en pic), rarement observée dans l’historique du réseau Sentinelles et donc mal prédite par le modèle qui repose sur les données historiques. »

 

Mais il faudrait aussi savoir pourquoi l'épidémie stagne en plateau plutôt que de progresser jusqu'à un pic pour décroitre rapidement ensuite. Les méthodes dites de régression consiste à plaquer des courbes théoriques ou historiques sur la courbe en cours. Mais si la loi de propagation de l'épidémie  est nettement différente des années précédentes, la correspondance ne sera pas bonne et les prévisions seront faussées.

Ce faisant, ceux qui ont en charge la surveillance des épidémies de grippe démontrent qu'ils n'en ont pas la maitrise. Ce n'est pas pour leur en faire grief, car on peut admettre que ce n'est pas aisé et que les virus peuvent avoir plus d'un tour dans leur sac comme le démontre aussi la persistance de la grippe de type B qui fait un joli pied-de-nez aux prévisions en étant plus fréquente que la grippe H1N1v.

 

Quand la grippe B s'invite à la fête

Ainsi, à l'issue de la semaine 07, l'échantillon de 1844 virus testés par le réseau Grog depuis le début de l'épidémie a donné 834 virus de type B contre 1005 de type A dont environ 701 virus H1N1v, 110 H3N2, 189 non typés et 5 de type C.

 

Les Grogs, par le relai de l'InVS (son bulletin hebdomadaire) donnent un échantillon cumulé depuis le début de la surveillance. Par différence, j'en déduis les nombres par semaine. Mais, en raison des délais des analyses, ces différences peuvent ne pas correspondre à la réalité, certains virus ayant pu être typés plus rapidement que d'autres. Cependant, cela donne quand même une indication :

 

 

Semaine	Type A(H1N1)v	Type B	Type H3N2	Taille échantillon
51-2010	31	39	10	87
52-2010	46	45	9	117
01; 2011	50	43	13	142
02; 2011	75	76	13	183
03; 2011	117	119	11	280
04; 2011	73	83	5	171
05; 2011	130	139	20	316
06; 2011	103	107	5	225
07; 2011	38	100	3	170

 

 

Cette réserve faite, j'ai pris les estimations Sentinelles moyennes des consultations attribuables à la grippe comme 111000 cas en semaine 51,  208500 cas en 52, 286000 en 01, 276000 en semaine 02 de 2011. J'ai alors reporté les proportions des différents virus sur ces nombres (111000x31/87=39552 etc). Voici les résultats :

 

Semaine	Type A(H1N1)v	Type B	Type H3N2	Total des cas
51-2010	39552	49759	12760	111000
52-2010	81974; +42422	80192;+37433	16038; +3278	208500
01; 2011	100704; +18730	86605;+6413	26183; +10145	286000
02;2011	113115; +12411	114623; +13919	19607; -6576	276000
03; 2011	101957; -11158	103700; -10923	9586; -10021	244000
04; 2011	102029; +72	116006; +12306	6988; -2598	239000
05; 2011	109842; +7813	117446; +1440	16899; +9911	267000
06; 2011	86062; -23780	89404; -28042	4178; -12721	188000
07; 2011	30177; -55885	79412; -9992	3971; -207	135000

 

 

On constate que depuis la semaine 01 de 2011 jusqu'à la semaine 05 les 3 grippes H1N1v, B et H3N2 font plus que se maintenir, en plateau, sans qu'il soit possible de discerner une croissance nette ou une décrue vraiment engagée comme cela s'était observé par exemple en 2009-2010 il y a un an.

Cependant, ça devait arriver, depuis la semaine 06  les 3 grippes dominantes, dans l'ordre B, H1N1 et H3N2 régressent nettement.

 

Dans le bilan de la grippe 2007 on lit (http://websenti.b3e.jussieu.fr/sentiweb/?rub=36 bulletins et bilans):

« Pour la saison 2006/2007, des prélèvements virologiques nasopharyngés ont été effectués en Corse par 20 médecins Sentinelles. Au total, 134 prélèvements furent pratiqués, 93 furent positifs, 85 au virus influenza A (4 influenza A/H1N1 et 81 influenza A/H3N2) et 8 au virus influenza B. » 

 

A l'époque, c'était donc le H3N2 qui dominait largement, ne laissant que des miettes au B et au H1N1. Cependant, le bilan de l'année 2008 semble donner des résultats différents :

 

« Au cours de l’année 2008, 351 visites de suivi annuel ont été réalisées, et 339 prélèvements ont été reçus. Sur les 185 prélèvements virologiques attendus à la suite des inclusions des patients grippés pendant la saison 2007-2008, 184 ont été réceptionnés. L’analyse par PCR a révélé 99 (54%) prélèvements positifs : 55 pour un virus de type A et 44 pour un virus de type B. »

 

Mais ces échantillons sont-ils représentatifs ?  L'impression générale laissé par les commentaires sur la  grippe saisonnière avant 2009 était que le H3N2 dominait très largement  les 2 autres virus H1N1 et B représentés dans le vaccin.

 

 

Données régionales

Voici les nombres de cas de syndromes grippaux pour 100000 habitants selon le réseau Sentinelles :

 

Semaine	50	51	52	1	2	3	4	5	6	7
île-de-France	236	382	561	556	321	287	242	181	195	107
Nord-Pas de Calais	309	405	1142	2890	2079	1137	590	616	74	97
Basse Normandie	702	266	600	677	426	277	90	36	57	27
Haute Normandie	123	261	123	184	270	274	172	125	81	100
Poitou-Charentes	44	216	579	644	665	402	666	631	467	451

 

Les données de l'Île-de-France montrent une évolution qui pourrait être conforme aux modèles avec cependant un plateau en semaines 52-01 qui pourrait s'expliquer par exemple par un décalage d'une semaine entre la grippe de type B et celle de type H1N1v.

Celles du Nord-Pas-de-Calais ne montrent aucune anomalie par rapport aux modèles avec un pic marqué en semaine 01.

De même pour la Basse-Normandie si ce n'est la valeur élevée en semaine 50 dont il faudrait rechercher la raison.

La Haute-Normandie connait un pic en plateau aux semaines 02-03.

Le Poitou-Charentes connait un plateau très prolongé de la semaine 01 à la semaine 05.La décrue semble se manifester en semaine 06 mais stagne en 07 (ce sont, ne l'oublions pas, les syndromes grippaux qui ne sont pas tous liés à la grippe).   

La carte d'interpolation des données départementales (Sentinelles) montre assez bien que pour cette région, ce sont  les 2 départements des Charentes qui sont dans le rouge alors que ceux du nord de la région, Vienne et Deux-Sèvres, sont dans le vert. La moyenne régionale ne reflète donc pas la réalité de la situation.

On constate au niveau des régions qu'une évolution en plateau prolongé qui semble dérouter le réseau Sentinelles n'est pas le lot de toutes les régions.

Attendons la suite !

 

Échec des prévisions

L'hiver 2009-2010 a révélé l'échec total des prévisions concernant l'ampleur et la durée de ce qu'on a appelé ''la première pandémie du XXIe siècle''. On nous prédisait que l'hiver pandémique serait long, que les administrations et les entreprises seraient profondément touchées, que le pays allait être paralysé. Mais, le virus n'ayant pas respecté les plans, il a dérouté notre système qui a démontré sa lourdeur et son incapacité à s'adapter en temps réel.

 

Au contraire, la population a su s'adapter rapidement en boudant une campagne de vaccination dont les modalités ont été qualifiées ''d'inimaginables'' par la représentante du syndicat des médecins inspecteurs de santé publique au cours d'une audition parlementaire (par l'Opeps, l'Office parlementaire d'évaluation des politiques de santé) et  rendue inutile par la brièveté de l'épidémie. 

 

En effet, la plupart des victimes de cette grippe auraient sans doute pu constater que le fameux bon de vaccination était arrivé trop tard (moins de 15 jours avant de tomber malade) pour que la vaccination puisse se montrer utile.

 

L'hiver 2010-2011 met à nouveau à mal les méthodes de prévisions. Espérons que cela rendra plus prudents et plus modestes les propos de ceux qui ont en charge la surveillance de la grippe...pour la prochaine pandémie !!!

 

 

 

 

L'épidémie de grippe 2010 : c'est le virus B qui domine !

 

Analyse de l'épidémie de grippe dans un nouvel article :

" Prévisions grippales : le réseau Sentinelles jette l'éponge !"

Les principaux  protagonistes de la vaccination pandémique ont été ses plus zélés adversaires :

  Roselyne Bachelot à la télévision :

« CEUX QUI NE SERONT PAS VACCINÉS VONT MOURIR  !!! »

Si les les Français ont boudé la campagne de vaccination, ce n'est pas tant parce qu'ils auraient eu peur du vaccin mais parce qu'ils n'ont pas eu peur de l'épidémie.

Voir aussi mon dernier article sur la grippe de type B qui a probablement atteint son pic en semaine 52 de 2010 et la grippe A(H1N1)v qui a pu l'atteindre en semaine 01 de 2011. (article du 12 janvier 2011, modifié le 14 janvier)

On nous l'avait prédit  : le virus pandémique H1N1 allait écraser tous ses concurrents. Une fois de plus les experts sont pris à revers par les virus qui semblent avoir plus d'un tour dans leur sac. Si le H1N1 nouveau est présent en France pour la semaine de Noël 2010, le H3N2 est là aussi. Tous les deux sont du type A mais c'est surtout le virus de type B qui domine comme le titre le bulletin InVS du 29 décembre 2010 :

{Cet article avait été écrit après les bilans de la semaine 51. Pour la semaine 52 où le type B domine toujours, voir à la fin de cet article}

« 3 virus grippaux circulent : le virus B reste majoritaire.

La distribution du virus dans la population générale est étudiée à partir des prélèvements réalisés par le Réseau des Grog qui a permis d’identifier 240 virus grippaux depuis le début de la surveillance. Ils se répartissent de la façon suivante :

- 116 (48%) virus grippaux de type A : 28% A(H1N1)v, 14% A(H3N2) et 6% A non sous-typés,

- 122 (51%) virus grippaux de type B,

- 2 (1%) virus grippaux de type C.

Les CNR ont caractérisé antigéniquement 98 des 510 virus depuis le début de la surveillance :

20 virus A(H1N1)v, 21 virus A(H3N2) et 57 virus B, tous apparentés aux souches vaccinales, sauf 1 virus B de lignage Yamagata. »

Soit donc 67 virus grippaux de type A(H1N1)v contre 122 de type B parmi les prélèvements étudiés. Il a même été trouvé un virus B de lignage Yamagata non apparenté aux souches vaccinales.

Réseau Sentinelles de réanimation

Celui-ci précise, pour la semaine 51 (Noël) (bulletin InVS):

« Parmi les 15 cas graves du réseau, 8 étaient liés au virus A(H1N1), 1 au virus A(H3N2), 2 au virus

B , 3 étaient en attente de typage et 1 cas n’a pas été confirmé. Six personnes n’avaient pas de facteur de risque connu. Un patient était vacciné. Une personne est décédée : elle n’avait pas de facteur de risque. »

ADDITIF (30/12/2010)

Le HCSP (Haut conseil de santé publique), sur une saisine du Directeur général de la santé du 21/12/2010, vient de publier (30/12/2010) un avis daté du 29/12/2010 « relatif à l'actualisation de la stratégie vaccinale contre la grippe 2010-2011 ».

Il n'y est pratiquement question que du virus A(H1N1)v toujours qualifié de pandémique alors que le virus de type B est à peine mentionné :

«En France métropolitaine, le seuil épidémique a été franchi. Les prélèvements réalisés en médecine de ville sont positifs dans 46% des cas, près de 50% sont des virus A dont un peu plus de la moitié sont des virus A(H1N1)2009. Vingt cinq cas graves ayant nécessité une hospitalisation en réanimation ont été rapportés, 17 liés au virus A(H1N1)2009 et parmi eux 2 femmes enceintes et 4 obèses. Six décès ont été observés, 1 confirmé A(H3N2), 1 confirmé B et 4 confirmés A(H1N1)2009.

Au total, à ce jour, bien que co-circulant avec les virus A(H3N2) et B, le virus A(H1N1)2009 garde des caractéristiques du virus pandémique par sa propension à entraîner des complications respiratoires graves de type SDRA, à affecter des sujets jeunes avec et sans facteurs de risque. »

On se croirait soudain revenu 1 an en arrière !

Pourtant, si on compare les données régionales du Réseau Sentinelles entre 2009 et la semaine de Noël 2010 (semaine 51), la première semaine où la France dépasse les seuil épidémique, on constate des différences notables sur les valeurs estimées :

En 2009, le record d'incidence estimée pour 100000 habitants fut de 1987 (semaine 49 en Limousin); le pic en Île-de-France fut 607 (semaine 44, fin octobre).

Pour la semaine 51 de 2010 le record est à la région Nord-Pas-de-calais avec 405. De plus, c'est surtout le virus de type B qui domine, le virus dit pandémique  ne représentant qu'un peu plus du quart des cas, le H3N2 donnant la plupart des autres cas.

Bien sûr, il y a la gravité des cas qui est aussi à prendre en compte. L'avis nous permet de déduire que sur 25 cas graves, 8 n'étaient pas dû au H1N1v et que sur 6 décès il y en a eu 1 par le H3N2 et 1 par le B. Certes le H1N1v paraît plus dangereux mais est-ce une raison suffisante pour focaliser à ce point sur lui ?

Une vaccination boudée:

Selon l'Assurance-maladie, 12,5 millions d'assurés considérés comme à risque sont invités à se faire vacciner gratuitement. Comme d'habitude, sont ciblées les personnes de 65 ans et plus, celles atteintes d'une affection de longue durée, les individus atteints d'asthme ou de bronchite chronique et les enfants souffrant de certaines maladies. Plus deux nouvelles catégories cette année : les médecins, sages-femmes et infirmières exerçant en libéral, ainsi que les séropositifs pour le VIH. 

Je fais partie des plus de 65 ans et suis donc officiellement considéré comme ''à risque'' mais je ne suis pas convaincu de cela ! Et donc je n'ai pas répondu aux sollicitations pressantes (2 lettres !!!) de ma mutuelle. Je ne suis pas le seul car, selon Le Figaro :

 « À peine 5,5 millions sont allées faire l'injection, selon les dernières données de l'Assurance-maladie, soit 15 % de moins que les années précédentes. Les chiffres de vente des vaccins reflètent cette tendance à la baisse. »

Pour les cas graves attribués à la grippe, le bulletin InVS de la semaine 50 signale :

"Au 22 décembre 2010, un total de 9 cas graves a été signalé. Les cas sont le plus souvent confirmés virologiquement et liés principalement au virus A(H1N1)v. Deux décès sont survenus chez un patient infecté par le virus A(H1N1)v et un par le virus A(H3N2) . Seulement 2 personnes n’avaient aucun facteur de risque. Une seule personne était vaccinée."

Plus précisément, 8 ont été confirmés virologiquement, 7 étaient (H1N1)v et pour l'autre c'était un autre virus. Un de ces 9 cas avait été vacciné.

Dans le bulletin de la semaine 52 l'InVS annonce le signalement de 72 cas dont 2 non confirmés pour la grippe. 29 ont été vérifiés (H1N1)v ainsi que 14 autres virus.

Pour Info : le bilan de la grippe dans l'hémisphère sud

Pour la semaine 52, la dernière de l'année 2010 (du 27/12/2010 au 02/01/2011), les réseaux Sentinelles, Grogs et l'InVS viennent de publier leurs bulletins respectifs sur la grippe. Les Grogs semblent prendre leurs désirs pour la réalité puisqu'ils annoncent que le virus H1N1 semble devenir majoritaire alors que le réseau a lui-même identifié davantage de virus B que (H1N1)v au cours de la semaine 52 : 76 de type B contre 47 de type A(H1N1)v !

Regardons donc cette anomalie de plus près.

Le bulletin InVS du 5 janvier 2011 écrit : 

 

« La distribution du virus dans la population générale est étudiée a partir des prélèvements réalisés par le Réseau des Grog qui a permis d’identifier 357 virus grippaux depuis le début de la

surveillance. Ils se repartissent de la façon suivante :

- 53% (n=188) virus grippaux de type A : 32% A(H1N1)v, 12% A(H3N2), 9% A non sous-types,

- 47% (n=167) virus grippaux de type B,

- 1% (n=2) virus grippaux de type C. »

 

En faisant les différences avec les totaux de la semaine 51 données auparavant dans cet article, on trouve en plus pour la semaine 52 :

 

(H1N1)v : 47; H3N2 : 9;  Type B: 76

 

De plus, les CNR (Centres national de référence) ont trouvé, toujours selon le bulletin InVS :

 

 

« Les CNR ont caractérisé antigéniquement 160 des 795 virus depuis le début de la surveillance :

39 virus A(H1N1)v, 35 virus A(H3N2) et 86 virus B, tous apparentes aux souches vaccinales, sauf 1 virus B de lignage Yamagata. »

 

En faisant de même les différences avec la semaine 51 on trouve :

 

H1N1 : 19; H3N2 : 14; Type B : 29

 

Pour les 2 centres d'observations, Grogs et CNR, le virus de type B a été plus fréquemment trouvé que le H1N1, ce qui n'empêche pas les responsables du réseau Grogs de titrer dans le bulletin de la semaine 52 :

 

« Les trois types de virus A(H1N1)2009, A(H3N2) et B continuent de co-circuler, mais le virus grippal A(H1N1)2009 semble devenir majoritaire. »

 

alors que l'InVS, plus prudente, se contente d'écrire :

 

« Tendance à la hausse de la proportion du virus A(H1N1)V dans les prélèvements effectués en population générale »

Notons que le réseau des Grogs est en partie financé par l'Institut Pasteur :

« Financement 2009

Le budget est financé à 80 % par la Direction Générale de la Santé et l’Institut de Veille Sanitaire.

Autres financements : Institut Pasteur, URML Midi-Pyrénéesetc... »

 

Ajoutons qu'en faisant les mêmes comparaisons entre les semaines 50 et 51 (bulletins InVS) je trouve 30 virus de type A(H1N1)v en plus contre 39 de type B. Si on regarde les variations des nombres de virus testés par les Grogs entre les semaines 51 et 52 on constate :

 

Semaine	Type A(H1N1)v	Type B
51	30	39
52	47	76
Rapport	1,57	1,95

 

Conclusion : l'accroissement du nombre de virus de type B a été plus importante que celle du typeA( H1N1)v ...

Le pourquoi du fiasco des modèles mathématiques pour la grippe

Cet article a été enrichi le 13 décembre 2010 : modélisation de la propagation dans une classe (annexe) ; le 7 janvier 2011 : l'importance des cloisonnements (complément);  le 17 juin 2011 : remarques sur les incohérences des modélisations SIR et SEIR par systèmes différentiels (faut-il les mettre à la poubelle ?),  le théorème du seuil  selon le modèle Reed et Frost (annexe).

J'ai fait une présentation poster de cet article au congrès de la Sfsp les 2-4 novembre 2011 à Lille.

 

Il est devenu patent et publique que les modélisations de la pandémie grippale avaient donné des estimations très largement au dessus de ce qui a pu être observé partout (voir annexe). Pourquoi  cela ? Il  en existe certainement plusieurs raisons pouvant ajouter leurs effets. Cet article va  en pointer au moins 3.

 

Les épidémiologistes ont introduit le paramètre qu'ils notent R0* et qu'ils appellent taux de reproduction de base. Il représente le nombre de personnes contaminées par un contagieux au cours de sa période de contagion. Ce R0 est généralement supposé constant dans le temps et uniforme sur l'ensemble de la population considérée. En pratique chacun se doute que ces conditions ne sont pas réalisées mais on peut penser (espérer) qu'une valeur moyenne de R0 permettrait malgré tout de modéliser la réalité plus complexe voire embrouillée.

Nous allons voir que malheureusement il n'en va pas toujours ainsi.

* Voici un lien vers une étude (en anglais) sur le paramètre R0

Il est d'abord nécessaire d'expliquer comment construire un modèle élémentaire pouvant représenter la propagation  de l'épidémie sous certaines conditions précises. D'abord quelques définitions :

Il faut préciser que ce sont les contagieux qui propagent la maladie, qu'ils soient malades ou non, c'est à dire qu'ils aient des symptômes ou qu'ils soient asymptomatiques. Nous suivrons donc l'évolution du nombre de contagieux. Ensuite il faut tenir compte de la  durée de l'incubation qui sera, dans cet article*, le moment qui s'écoule entre la contamination et le début de la phase de contagion dont la durée devra aussi être prise en compte. En fait ce seront les durées relatives de  ces 2 phases qui seront importantes. Ici, pour simplifier, nous les supposerons égales bien qu'il soit possible de s'affranchir de cette contrainte. L'unité de temps sera cette durée commune et In désignera le nombre de contagieux au temps n.

* En épidémiologie cette durée est le temps de latence. Voir les définitions

Au temps n+1 ceux-ci cesseront d'être contagieux pour devenir immunisés, ce qui fait qu'ils ne pourront devenir à nouveaux contagieux en cas de nouvelles contaminations. Gn désignera le nombre d'immunisés par la maladie  (guéris) au temps n. Nous supposerons qu'il n'y a pas de décès pendant la durée de l'épidémie et que l'immunité ainsi acquise se maintient pendant toute sa durée. Ainsi, Gn sera la somme de tous les Ik de l'instant initial k=0 à k=n-1.

Il y a les susceptibles c'est à dire ceux qui deviendraient contagieux s'ils étaient contaminés. Leur nombre au temps n sera noté Sn.

Il y a aussi les résistants c'est à dire ceux qu'une première contamination ne rendra pas contagieux. Ce peut être grâce à une résistance naturelle ou acquise comme par exemple par une vaccination. En notant Rn le nombre de résistants au temps n et P la taille de la population on aura Sn=P-Rn-In-Gn car on suppose aussi que des contagieux ne sont pas affectés par une contamination supplémentaire. Pour simplifier  nous supposerons que P est constant (le groupe est fermé) et que  Rn=0, ainsi R0 représentera le nombre de résistants au temps 0. L'épidémie s'arrêtera quand le nombre de contagieux sera inférieur à 1.

 

Pour éviter toute confusion avec le R0 des épidémiologistes je noterai C le nombre de contaminés par un contagieux et l'appellerai indice de contagion* comme je l'ai fait pendant les 10 années où j'ai enseigné le modèle qui va suivre à des étudiants de deug Sciences de la Vie en ignorant qu'il avait été découvert en 1928 par Frost qui l'avait exposé dans plusieurs conférences sans en faire une publication en raison de sa simplicité.

* Ce terme est cependant défini en épidémiologie avec un sens différent.

Il est possible que le R0 des épidémiologistes désigne en fait le nombre de contagieux avec symptômes tant il est vrai qu'étant des médecins ils ont tendance à rester sur des définitions médicales. De plus, il faut reconnaître que leurs définitions ne sont pas toujours très claires...

Il faudra cependant retrouver les papiers de Frost, à une date récente que je ne peux préciser, pour que son travail soit enfin publié. Pourtant il est fondamentalement simple, naturel, efficace, adaptable et je l'avais construit seul, au début des années 1990, en ignorant  tout de son histoire.  Ce n'est pas un exploit, il suffisait pour cela d'aborder le problème sans être influencé par les idées des autres, ce qui est le plus difficile en recherche comme l'illustre d'ailleurs cette histoire.

 

Le modèle de Reed et Frost

Jacques, qui est contagieux, contamine  au hasard C personnes distinctes  parmi les P-1 personnes autres que lui-même. En supposant que les contaminations se font de façon aléatoires dans tout le groupe, Paul aura la probabilité C/(P-1) de faire partie des C personnes contaminées par Jacques. La probabilité pour qu'il ne soit pas contaminé par Jacques sera donc 1-C/(P-1). Comme il existe In contagieux au temps n et que les contaminations sont supposées être indépendantes les unes des autres, la probabilité pour que Paul ne soit contaminé par aucun des contagieux sera [1-C/(P-1)]^In ( ^ représente la fonction puissance ). La probabilité pour qu'il soit contaminé par l'un au moins de ces In contagieux sera alors   1-[1-C/(P-1)]^In.

On obtiendra le nombre moyen de contagieux au temps n+1 en multipliant cette probabilité par le nombre Sn de susceptibles, d'où la formule :

                            In+1={1-[1-C/(P-1)]^In}xSn

On aura aussi Sn+1=Sn-In et Gn+1=Gn+In

Ce lodèle est aujourd'hui proposé aux élèves par l'Education Nationale [1]. On peut aussi l'utiliser sous forme probabiliste (ou stochastique) en prenant pour In+1 une valeur aléatoire associée à la loi binomiale associée à Sn et la probabilité pour un individu d'être contaminé. En faisant un assez grand nombre de simulations on peut alors estimer la dispersion par rapport à la propagation moyenne.

 

Voici ce qu'on peut lire dans la revue Prévalence de l'InVS (n°11 octobre 2004) :

«Wade Hampton Frost (1880-1938) est considéré comme le père de l'épidémiologie américaine moderne. Toujours soucieux d'expliquer, il crée en 1928 avec son collègue Lowell Reed, professeur de biomathématiques à Johns Hopkins, un modèle de formalisation mathématique de la transmission des maladies. Modeste, il ne songera jamais à le publier, même si celui-ci est utilisé dans le monde entier sous le nom de modèle Reed-Frost. Ce n'est que très récemment que ce dernier a été enfin publié, grâce au texte d'une conférence retrouvé dans ses archives. La postérité saura pourtant reconnaître ses mérites, puisque le Wade Hampton Frost Award est aujourd'hui le prix de référence dans le domaine de l'épidémiologie »

 

 

 

Si on applique ce modèle à un groupe de 1000 personnes avec C=2 on obtient au total 797 cas avant la disparition de l'épidémie avec par exemple 1 cas initial mais ce n'est pas essentiel. Près de 80% de cas c'est beaucoup trop puisque le nombre total de cas de grippe dépasse très rarement 50% ce qui  fait plus que suggérer que les hypothèses du  modèle ne traduisent pas la réalité de façon satisfaisante. Il faut donc rechercher pourquoi.

Beaucoup se joue dans les familles où, le plus souvent, des adultes revenant de leurs travail,  des lieux de commerces ou des transports en commun retrouvent leurs enfants revenus de l'école. Ainsi, des contamination inter-familiales pourraient permettre au virus de rebondir dans de nouvelles directions.

Mais au contraire, si les personnes contaminées deviennent contagieuses à leur domicile, elles pourraient, en devant rester  au lit, ne pas transmettre le virus ou de façon très limitée. L'importance de cela pourrait être attesté par le fait que les enquêtes épidémiologiques effectuées en 2009 sur des classes et des colonies de vacances ont montré des taux d'attaque très supérieurs dans les colonies de vacances où les enfants restent ensemble jour et nuit pendant toute une semaine. On peut lire à ce sujet les enquêtes relatées dans le BEH du 21 septembre 2010.

 

Autrement dit, pour le virus la cellule familiale peut aussi bien être un tremplin qu'une poche dans laquelle il va s'enferrer, et vraisemblablement plus souvent une poche qu'un tremplin même si, en pratique il est fort vraisemblable que les 2 situations se produisent. Le problème est alors le suivant :

est-il possible de remplacer cette double possibilité, même avec des variations aléatoires autour des valeurs moyennes comme dans les modèles stochastiques, par une propagation moyenne et uniforme ?

 

 

Si par exemple, à chaque temps n la moitié des contagieux contamine 3 personnes alors que l'autre moitié n'en contaminera qu'un seul, on trouve aussi 797 cas au total. Mais on a ici une loi de propagation constante dans le temps. Il en ira tout autrement quand ce ne sera plus le cas :

 

Quand l'indice de contagion varie au cours du temps

Dans un groupe de 1000 personnes l'épidémie se propage un temps sur 2 avec C=2 et, pour l'autre temps, seulement la moitié des contagieux potentiels contamineront effectivement avec aussi C=2, les autres ne contaminant aucune personne. ce qui pourrait paraître presque équivalent  à diviser C par 2 un temps sur 2.

La condition initiale est 1 cas contagieux mais ce choix n'est pas essentiel. Le nombre moyen total de cas contagieux sera 524,16 et le nombre moyen de cas aux temps pairs où la totalité des contagieux contaminent effectivement chacun 2 personnes est 307,34. On peut ainsi calculer l'indice de contagion  moyen Cm qui est le rapport entre le nombre total de contaminés,  y compris les doublons et les immunisés,  par le nombre total de cas, soit  ∑(2In+2x1/2xIn+1) divisé par ∑(In+In+1) les sommes étant effectuées  pour n pair. On retrouve la somme des In+In+1 au numérateur ce qui permet d'écrire Cm=1+∑In / ∑(In+In+1) pour n pair soit 

      Cm=1+ 307,34/524,16=1,586.

En reprenant cette valeur pour définir une propagation constante et uniforme parmi les 1000 personnes le  modèle de Reed et Frost donne 634,67 cas au total, soit plus de 110 cas en plus, soit 11% des 1000 personnes du groupe (ou 21% de cas en plus), valeurs qui se maintiennent en faisant varier la taille P du groupe. Pour par exemple P=100 j'obtiens 53,75 cas contre 64,84 soit aussi 11% d'écart (ou 20,6% en plus).

Ce sont des écarts énormes !

Le constat de cette observation conduit à dire :

il ne sera pas toujours possible de remplacer un indice de contagion variable et non homogène par un indice moyen

même quand ces variations sont alternées et périodiques ce qui paraît pourtant favorable. Pour avoir des modèles plus réalistes il faudrait pouvoir modéliser ce type de variation et donc avoir une idée de ce qu'elles peuvent être en pratique, ce qui demanderait des enquêtes épidémiologiques de terrain assez précises.

 

Dur, très dur !!!

Oui, je pense, sans exagération, que c'est un très gros coup dur pour les tentatives de modélisation  de maladies comme la grippe car si on peut faire varier aisément et à volonté l'indice de contagion (le R0) ainsi que la proportion de contagieux effectifs parmi les contagieux potentiels, il ne sera pas aisé d'avoir des séquences réalistes de ces variations.

Mais il faut bien qu'il y ait quelque chose pour expliquer le fiasco des modélisations qui donnent beaucoup trop de cas. Ça pourrait être un des points majeurs. Il y en a d'autres présentés plus loin.

 

L'exemple  que j'ai donné n'est pas totalement arbitraire, il pourrait correspondre, de façon simplifiée, à l'alternance des jours ouvrés et de congés : si un contaminé devient contagieux et malade pendant le week-end il n'ira pas travailler le lundi et ne pourra contaminer que sa famille, ce qui se produit aussi, certes mais pas systématiquement.

Par contre, si à chaque temps n la moitié des contagieux contaminent chacun 3 personnes et l'autre moitié une seule, la moyenne des contaminés sera 2 par contagieux et cette valeur moyenne donnera le même nombre total de cas. Cette situation a pu tromper en faisant croire qu'il en serait toujours ainsi.

 

Voici un extrait du REH (publication OMS hebdomadaire) n°34 du 21 août 2009 et intitulé ''Modélisation mathématique de la grippe pandémique H1N1 2009''. Il porte sur l'évaluation du fameux R0 mais à aucun moment il n'est envisagé des variations selon les jours de la semaine, en particulier entre les jours ouvrables et chômés. Ou plutôt pensent-ils sans doute que ces variations seront gommées par une valeur moyenne. On vient de voir que ce n'était pas toujours possible alors que l'extrait ci-dessous montre qu'ils recherchent les variations du R0 entre les Etats !!! :

« La plupart des analyses des données provenant d’Europe et des États-Unis laissent à penser que le R0 se situe très probablement entre 1,2 et 1,7, avec des estimations plus élevées dans des  particuliers (par exemple, au Japon R0 = 2,3; intervalle de confiance à 95% [IC]: 2,0 2,6; en Nouvelle Zélande R0 = 1,96; IC à 95%: 1,80 2,15; dans l’État de Victoria (Australie) le R0 était initialement >2 mais a chuté au cours de la phase d’endiguement; en Argentine et au Chili R0 >1,7). Des différences dans le R0, même de cet ordre, peuvent avoir des répercussions profondes sur la mesure dans laquelle les interventions peuvent permettre de maîtriser une épidémie. »

 

Retenons ces R0 entre 1,2 et 1,7 qui paraissent très bas,  trop  bas, j'y reviendrai à la fin. On y lit aussi ceci qui est particulièrement révélateur des limites de leurs modèles :

« Les modèles peuvent donner une limite supérieure des taux d’atteinte si l’on dispose d’une estimation précise du R0, mais de tels modèles fournissent des estimations des taux d’atteinte sérologiques (proportion de sujets infectés) et non la proportion de sujets infectés montrant des symptômes cliniques. »

Il y a  dans ce propos 2 aspects très différents :

1- Ils traduisent ce que je nomme ''les contagieux'' par ''les sujets infectés'' c'est à dire avec une sérologie positive. Je ne suis pas certain que ce soit la même chose en ce sens qu'on doit pouvoir avoir une sérologie  positive ou augmentée après le passage du virus (relance d'une immunité acquise) sans pour autant avoir été contagieux (ou alors la vaccination ne pourrait s'opposer à la propagation). Or les modèles ne peuvent que suivre l'évolution du nombre de contagieux et non du nombre de séropositifs. Resterait à savoir si ces 2 termes sont vraiment synonymes.

2- Ils considèrent comme allant de soi qu'une estimation précise du R0 donnerait une indication  alors qu'une  propagation obéissant à des lois variables dans le temps et l'espace ne peut pas être modélisée par le seul R0 moyen.

Ils s'intéressent cependant aussi aux taux moyens d'attaque dans les familles et autres communautés :

« mieux comprendre la dynamique de la transmission du virus pandémique dans divers lieux (par exemple estimer le taux de reproduction de base R0 et les taux d’atteinte secondaire, dans les écoles, les ménages et plus largement, les communautés des pays touchés), »

Là aussi c'est insuffisant car le taux d'attaque dans une famille donne la proportion de membres de cette famille qui sont atteints en moyenne quand un membre de la famille aura été atteint. Mais il ne renseigne pas sur le nombre de familles touchées.

Le REH déjà cité précise au sujet du taux d'attaque dans les familles :

« Les analyses des taux d’atteinte secondaire dans les ménages, effectuées à Hong Kong (région administrative spéciale de Chine), en Italie, au Mexique, au Royaume-Uni et aux États-Unis, ont été relativement concordantes, ces derniers se situant entre 18 et 30%. »

On voit donc qu'il s'agissait d'un taux d'attaque assez modéré, très éloigné des scénarios catastrophes qui nous avaient été promis.

 

Plutôt que de ''penser'' au niveau du monde (ce qui me parait très illusoire) il paraît certain que beaucoup se joue dans les familles selon qu'elles seront un tremplin ou un amortissement pour le virus. Trois auteurs, L Pellis, N.M Ferguson et C Fraser ont publié une étude où la population est ainsi partagée en familles, les adultes se rendant sur des lieux de travail et les enfants dans des écoles :

« In this paper, we present a model for the spread of a permanently immunizing infection in a population socially structured into households and workplaces/schools, and we propose and discuss a new household-to-household reproduction number R_H for it. »

Aussi, ils ont introduit l'analogue du R0 mais entre les familles et non plus les individus qu'ils notent RH, H comme Home : 

« we define R_H as the average number of households infected by a typical household in a totally susceptible population. Now, the infection can exit from a household following two routes: via a global infection or via a workplace infection, i.e. when an infected individual in the household triggers an epidemic in their workplace and all those ultimately infected are primary cases in new households. »

Mais ils supposent que RH est homogène parmi les familles et constant au cours du temps, autrement dit ils lui attribuent une valeur moyenne ( average number) supposée assurer une propagation proche de la réalité. Ils ne semblent pas avoir réalisé que l'alternance d'appartenance de chaque individu à sa famille et à son travail créait une situation qui ne peut être modélisée par les seules valeurs moyennes.

 

Second exemple : une propagation  non homogène

Il y a 1000 hommes et 1000 femmes dans le groupe avec un indice de contagion C=2 constant   (C désigne le R0 des épidémiologistes). Le nombre total de cas sera 797x2=1594 si l'épidémie s'y propage de façon aléatoire.

Supposons maintenant qu'un homme contagieux contamine C1 hommes et C2 femmes alors qu'une femme contagieuse contamine C'1 hommes et C'2 femmes*. Il est possible d'adapter le modèle de base à cette situation :  In et I 'n étant les incidences au temps n chez les hommes et les femmes, la  probabilité pour un homme d'être contaminé sera

  1-(1-C1/999)^In*(1-C'1/1000)^I 'n     (* signe de multiplication) Les femmes contagieuse sont en dehors du groupe des hommes.

Cette probabilité sera à multiplier par le nombre d'hommes susceptibles pour obtenir l'incidence au temps n+1 chez les hommes et de même pour les femmes.

* L'indice indique le sexe des contaminés (1 pour les hommes, 2 pour les femmes), le signe ' ou son absence indique le sexe du contaminant ( ' pour les femmes, absent pour les hommes).

 Remarque : une formule analogue permet de modéliser la situation où la contagion n'est pas répartie de façon homogène au cours de la période de contagion. Le malade peut, par exemple, contaminer davantage au début de sa maladie qu'ensuite. On partage alors la période de contagion en deux en leur associant des indices de contagion C1 et C'1 et où I 'n  désignera alors l'incidence au temps n-1. Ceci montre la remarquable adaptabilité de ce modèle.

Cas 1

Prenons C1=1,5  C2=0,5  C'1=0,5 et C'2=1,5.  Autrement dit les contaminations sont symétriques entre les hommes et les femmes. On obtient 797 hommes et autant de femmes contaminées soit 1594 au total avec au départ un homme et une femme contagieux mais ce n'est pas essentiel. On notera que C1+C2=C'1+C'2=2 exprimant que chaque homme et chaque femme contaminent 2 personnes.

Cas 2

C1 et C2 sont inchangés alors que C'1=C'2=1 d'où C'1+C'2=2,  avec toujours au départ un homme et une femme contagieux.  On obtient au total une moyenne de 858,6 hommes contaminés et 665,9 femmes  contre les 797 attendus  chez les hommes et chez les femmes (7,7% de cas en plus pour les hommes, 16,45% en moins pour les femmes). Au total 1524,5 cas contre 1594 soit  une augmentation de 4,6% de cas quand on remplace par la valeur moyenne de la contagion qui en annonce 1594.

 

Troisième exemple : des sous-groupes non égaux

Dans la situation précédente il y avait le même nombre d'hommes que de femmes. Soit maintenant 10 hommes pour 100 femmes, proportion qui pourrait se rencontrer chez les soignants d'un hôpital ou, à l'inverse, dans une école militaire ou sur un navire de guerre, voire même un sous-marin...

Avec C=2 homogène et constant pour un groupe de 110 personnes on obtient en moyenne 88 cas en tout (80%).

Cas 1

Reprenons la même  répartition symétrique du cas 1 du second exemple, soit C1=1,5  C2=0,5  C'1=0,5 et C'2=1,5 ce qui ne changeait rien quand les 2 groupes étaient égaux. On obtient ici 10 hommes et 64 femmes atteints à la fin de l'épidémie soit  74 en tout au lieu de 88  (67,3% de 110 au lieu de 80%) c'est énorme. Notons qu'on ne peut faire valoir ici des écarts qui ne seraient pas significatifs car ce sont des valeurs théoriques et non observées et les valeurs 100 et 10 sont faibles. De plus, ces proportions se maintiennent avec des populations plus importantes.

 

Cas 2

Prenons maintenant la règle de contagion du cas 2 du second exemple avec C'1=C'2=1. On obtient alors 10 hommes touchés et 29 femmes soit 39 au total au lieu de 88 (35,5% de 110 au lieu de 80% !!!)

Si on inverse en prenant 100 hommes et 10 femmes avec la même loi de contagion on obtient 37 hommes et 9 femmes soit 46 soit 41,8% de110.

 

Quatrième exemple : on combine les trois !

Si on s'amuse maintenant à mixer les situations décrites dans les 3 exemples en modifiant ainsi le dernier cas exposé : alternativement, un temps sur 2,  seulement la moitié des contagieux potentiels contamineront effectivement. On trouve alors 9 hommes et seulement 11 femmes soit 20 au total soit seulement 18,2% de 110. ! Ce résultat peut surprendre mais il s'explique ainsi : très rapidement presque tous les hommes sont atteints, aussi seules les femmes vont se contaminer entre-elles mais l'indice de contagion  chez les femmes vaut  alternativement 1 et 0,5  ou, plus précisément, une fois sur deux alternativement, seule la moitié des femmes contagieuses contamineront effectivement.

 

J'ai trouvé sur ce lien une présentation amusante de l'un des problèmes soulevés ici  :

"Rien ne peut arrêter un R0 constant, 1, 2, 4, 8, 16...sauf de tousser sur sa manche ..."

http://www.influenzah5n1.fr/index.php?topic=10522.msg29158#msg29158 

ANNEXE

 

En juin 2009 l'école élémentaire du Jeu  de Paume à Créteil a été l'objet d'une épidémie par le virus H1N1 nouveau. Ces enfants étant jeunes on peut supposer qu'ils devaient tous être non immunisés contre le virus (susceptibles). Ces cas groupés ont fait l'objet d'une étude épidémiologique publiée dans le BEH du 21 septembre 2010. Voici les nombres de malades observés dans les 9 classes de l'école ainsi que les taux d'attaque (rapport du nombre de cas au nombre d'élèves de la classe). Le taux le plus élevé est de 36% et les autres ne dépassent pas 30%, voire beaucoup moins.

 

 

Classe	Effectif	Cas	Taux d'attaque
CE2/CM1	25	9	36,00%
CE2B	24	7	29,20%
CE2A	23	5	21,70%
CP/CE1	24	5	20,80%
CM1B	26	3	11,50%
CE1A	25	2	8,00%
CM2B	21	1	4,80%
CP 1	24	1	1,70%
CM2A	21	0	0,00%
Total école	213	36	16,90%

 

Notons que la diffusion du virus dans l'école a été attribué à une répétition de chorale pour toute l'école le jeudi après midi du 18 juin, sous le préau alors qu'un enfant déjà malade se trouvait parmi eux et est revenu à l'école  pour la matinée, que l'école a été fermée le 26 juin et que l'enquête a débuté ensuite. Comme la durée d'incubation était très courte (en moyenne 1,5 jours,  voir **) ces actions n'ont  pu avoir d'incidence sur le développement de l'épidémie dans l'école.

Si les modèles mathématiques ne parviennent même pas à modéliser la propagation dans une école ou une classe il faudrait s'interroger sérieusement sur les raisons avant de se lancer dans des modélisations nationales ou mondiales pour le moins prétentieuses et en affolant toute la planète ...

La leçon donnée par le virus pandémique 2009 vaut bien un fromage sans doute !

**Estimations de la durée pour devenir contagieux (temps de génération) et de la durée d'incubation (durée pour avoir des symptômes) pour la grippe pandémique 2009 (doc. OMS déjà cité REH n° 34 du 21 août 2009) :

« Plusieurs groupes du Royaume-Uni et des États-Unis ont présenté des estimations du temps de génération qui étaient assez cohérentes d’un groupe et d’un endroit à l’autre, et ont convenu que le temps de génération moyen pour la grippe pandémique H1N1 2009 était de 2,5 à 3 jours. On a disposé de moins de données concernant la période d’incubation médiane, mais une estimation laisse à penser qu’elle est de 1,4 jour (IC à 95%: 1,0 1,8), ce qui correspond aux souches de virus grippal ayant circulé précédemment. »

 En conséquence, la durée pour devenir contagieux serait au moins une journée plus longue que l'apparition des symptômes pouvant conduire à rester à la maison et s'aliter. D'où une réduction des contaminations par rapport à la situation inverse. La question se pose alors : les nombreux asymptomatiques sont-ils contagieux ?

 

En acceptant R0=1,4 (estimations OMS entre 1,2 et 1,7) et une durée de contagiosité double de celle d'incubation j'ai appliqué le modèle Reed et Frost dans ces conditions à un groupe de 1000 personnes. Avec aucun résistant au départ j'ai obtenu 512 cas soit 51,2% ce qui est encore trop. Avec R0=1,2 j'obtiens 315 cas soit 31,5% qui serait plus acceptable. Mais il faut bien observer que ces R0 sont fabriqués à partir de courbes observées et qu'ils cherchent à reproduire cette courbe en choisissant convenablement le R0 pour cela. Comme leurs modèles donnent beaucoup trop de cas cela les conduit ipso facto à trouver des R0 très faibles comme on le constate ici, trop faibles sans doute.

Pour ma part, je suis convaincu que le R0 associé à une partie des contagieux peut être beaucoup plus grand alors qu'il sera nul ou pratiquement nul pour une autre partie et que les proportions relatives de ces 2 parties ne sont pas constantes au cours du temps en raison de l'alternance des jours chômés et ouvrés, voire des vacances et qu'on ne peut modéliser une telle situation par un R0 homogène et constant.

 

 

 

Modéliser la propagation dans une classe

Il faudrait commencer par cela car je suis convaincu que tant qu'on ne sera pas capable de le faire correctement ce ne sera pas la peine de chercher à modéliser une propagation mondiale...

Dans une classe de 30 élèves on a observé la propagation suivante : en début de semaine un élève contagieux contamine 4 autres élèves. Comme la durée d'incubation est de 1,5 jours, certains ne deviendront pas malades ou contagieux avant de quitter l'école le mardi soir. Trois d'entre-eux tomberont malades le mercredi, jour sans école et ni retourneront  pas le jeudi. Cependant, le quatrième y viendra le jeudi où il contaminera aussi 4 élèves parmi les 26 présents autres que  lui-même. Ces élèves ne deviendront pas contagieux avant d'avoir quitté l'école le vendredi soir. Malades pendant le week end ils ne reviendront pas le lundi et l'épidémie dans la classe s'arrêtera là soit 1+4+4=9 malades en tout sur 30 élèves.

Bien entendu cela n'exclut pas  qu'ils puissent contaminer en famille et que l'épidémie puisse aller ailleurs ou même revenir dans la classe par une autre chaîne issue de celle-ci mais c'est une autre histoire.

Peut-on modéliser cela avec Reed et Frost ? La réponse est oui mais modulo 2 modifications :

1- Tenir compte du fait que les malades ne sont plus dans le groupe qui passe de 30 à 26 le jeudi. Donc prendre l'effectif réel au moment de la transmission du virus. Si on raisonne sur un groupe plus large incluant les familles les enfants malades sont toujours dans le groupe alors qu'ils sont à un moment donné dans la classe et à un autre en famille.

2- Introduire un coefficient K gérant la proportion de contaminants effectifs parmi les contagieux potentiels. Ainsi, K vaudra successivement 1 puis 0,25 pour le mercredi  puis 0 quand les contagieux sont en week end.

On choisit R0=C=4 avec la condition initiale I0=1  (l'incidence au temps 0).

Au temps 1 le modèle donnera I1=4 :  [1-(1-4/29)^1]x(30-1)=4

Au temps 2  on prend P=30-3-1=26 pour la division de C par P-1  car les 1+3 malades ne sont pas dans la classe. On obtient 30-1-4=25 susceptibles. Avec K=0,25 on obtient  encore 4 cas : [1- (1-4/25)^(0,25x4)]x25=4.

Au temps suivant, avec K=0 on obtiendra  0 quels que soient les effectifs.

La formule de Reed et Frost avec la séquence où K vaut successivement 1, 0,25 et 0 donne exactement l'évolution observée en tenat compte de l'évolution de la taille du groupe. Avec un R0 moyen il serait impossible d'y parvenir. Bien sûr, il faut choisir la séquence pour K mais ce seront les observations épidémiologiques de terrain qui pourront guider ce choix. On peut aussi observer que si les élèves sont 9 heures par jour ensemble 4 jours sur 7 cela fait 21% de la durée de la semaine. Cela peut servir de guide.

 

 

 

COMPLÉMENTS

Ayant fait l'effort de présenter le modèle de Reed et Frost sur ce blog, ce qui n'était pas évident, je vais présenter d'autres prolongements que ceux directement associés au thème défini par le titre.

Voici les résultats obtenus pour P=1000 (taille du groupe) et C=2 en fonction du nombre de résistants quand débute l'épidémie :

 

Résistants	Instant du Pic	Pic	Non susceptibles au pic	Fin épidémie n=	Total des cas	Total non susceptibles
0	9	154,5	492,5	17	797	797
100	15	107	494,2	19	659	759
200	12	65	529,3	22	514	714
300	14	33	500,5	27	358	658
400	19	10	505	37	189	589

 

On constate que le nombre total d'immunisés et de résistants nécessaires pour que l'épidémie s'arrête diminue quand au début de l'épidémie il y a déjà un certain nombre de résistants : avec aucun résistants il faut en moyenne 797 immunisés mais quand il y a 300 résistants il suffira de 358 cas soit 658 immunisés ou résistants au total. Si on admet que cela peut être obtenu par une vaccination il devient possible de montrer l'avantage considérable de celle-ci pour la maîtrise de l'épidémie.

Cependant, l'expérience de la pandémie 2009 a montré que ce n'était pas aussi simple, le vaccin n'étant pas prêt à temps  ni en quantité suffisante. La campagne c'est au contraire déroulée "à chaud". Comme des personnes peuvent être à la fois asymptomatique et contagieuses, elles pourraient se trouver dans les centres de vaccination au milieu de la foule venant se faire vacciner en masse. Quelles en seraient les conséquences ?

Ajoutons que la première façon d'éviter  la grippe est de ne pas être contaminé. C'est d'ailleurs cela qui se produit sans doute assez souvent en pratique, même sans mesures spéciales prises par les autorités,et qui met en échec les modèles proposés jusqu'alors. C'est cela qui m'a permis de proposer une modélisation dans une classe avec une adaptation de  Reed et Frost.

 

 

L'importance des cloisonnements

Avec R0=2 et une population totalement susceptible (aucun résistant au début de l'épidémie) la proportion moyenne de cas avant la disparition de l'épidémie sera 80% sous l'hypothèse d'une propagation aléatoire sur l'ensemble du groupe. C'est évidemment beaucoup trop par rapport à ce qui est généralement observé.

Il paraît évident que l'hypothèse d'une propagation aléatoire sur l'ensemble du groupe n'est réalisée en pratique que sur des groupes de tailles limitées. Une première façon d'apprécier l'importance de cette condition est de supposer la population constituée de 100 groupes de chacun 100 personnes avec une propagation aléatoire au sein de chaque groupe et en supposant que si un groupe est contaminé il contaminera à son tour 2 autres groupes de façon aléatoire : un groupe contamine un autre groupe si une personne du premier contamine au moins une personne du second.

Si l'épidémie débute dans un groupe elle fera 80 victimes dans celui-ci et la propagation de groupe en groupe touchera  en moyenne 80 des 100 groupes, en faisant 80 cas dans chacun, soit 6400 cas au total, soit 64%.

On peut aussi concevoir une organisation de la population en sur-groupes : une école est constituée de classes, un hôpital de services à différents étages etc.

Soit donc une population formée de 100 sur-groupes constitués chacun de 100 groupes, de 100 personnes, soit 1 million de personnes en tout. Avec la même loi de propagation au niveau des sur-groupes (1 sur-groupe atteint contaminera 2 sur-groupes) la proportion sera 80% à la puissance 3 soit 51,2%.

Sans chercher à faire "réaliste", ceci suggère l'importance des emboitements et des structures qui cloisonnent les échanges. Même si des contacts se produisent aussi dans les transports et même si le virus est présent dans les fosses nasales ou le pharynx il faut aussi une projection par une toux, un éternuement, une parole forte, un chant ...

 

Modélisation par systèmes différentiels

Bien que peu satisfaisant ce procédé est encore très fréquemment présenté voire utilisé même quand la durée de contagion est différente de celle de l'incubation, circonstance où le modèle est mis en échec pour la raison suivante :

Les équations différentielles utilisées étant à coefficients constants, la proportion de contagieux qui guérissent à l'instant t va être proportionnelle aux nombres de contagieux. Si la durée de la contagion est 3 fois celle de l'incubation on prendra 1/3. Mais pendant la phase croissante de l'épidémie le nombre de nouveaux malades est très supérieur au nombre des plus anciens, aussi la proportion de ceux qui guérissent parmi les malades en cours est nettement inférieure à 1/3. Elle atteint à peu près cette valeur 1/3 au moment du pic pour croître ensuite pendant la phase décroissante de l'épidémie car alors ceux qui guérissent sont beaucoup plus nombreux que les nouveaux malades. Cette proportion peut alors dépasser 0,45.

Dans ces conditions on comprend aisément que la répartition des cas au cours du temps sera faussée ainsi que le moment du pic et son amplitude comme j'ai pu le mettre en évidence.

Le théorème du seuil

Avec les systèmes différentiels on établit le théorème du seuil indiquant le niveau d'immunisation nécessaire en fonction de R0 pour que l'épidémie ne se développe pas. On trouve 1-1/R0. Mais avec le modèle de Reed et Frost on trouve une valeur plus faible : [1-1/R0]x[1-1/P] où P est la taille de la population concernée. Cela a peu d'importance si P est grand mais comme les hypothèses de validité du modèle de base sont ''une transmission aléatoire sur l'ensemble du groupe'' cela exige en pratique des groupes de petites tailles comme une classe d'élèves, pas même une école. Ce n'est alors pas négligeable.

Imaginons 100 classes de 20 élèves avec R0=2. Si on regroupe ces 2000 personnes le seuil sera 0,5x(1-1/2000) soit pratiquement 50%. Mais si on remarque qu'il faut et suffit que l'épidémie ne puisse s'installer dans aucune des 100 classes, on aura 0,5x[1-1/20]=47,5% bien répartis sur les 100 classes. Imaginons encore que 50 des 100 classes soient immunisées à 100% et aucune des 50 autres, cela fera 50% d'immunisés en tout MAIS l'épidémie pourra malgré tout se développer parmi les 1000 élèves des 50 classes non immunisées.

D'une manière générale il ne suffira pas qu'il y ait 50% d'immunisés, il faut aussi qu'ils soient bien répartis. Mais comme cette répartition portera alors, la plupart du temps, sur de petits groupes, la correction peut ne pas être négligeable.

Exemple

Avec P=20, C=2 et une durée de contagion égale à 2 soit R0=2x2=4. 1-1/R0=75% qui, multiplié par 1-1/20 donne 71,25% qui donne le seuil d'immunité à atteindre sur un ensemble de classes de 20 élèves et non pas 75% comme donné habituellement.

Modèles  SIR et SEIR

Les modèles dits SIR et SEIR (Susceptibles, Exposés (c'est à dire en incubation), Infectés (contagieux), Résistants  (guéris) ) reposent sur au moins 2 hypothèses :

1- Le nombre de nouveaux contaminés sera proportionnel à la fois au nombre de contagieux et de susceptibles.

2- Le nombre de guéris sera proportionnel au nombre de malades.

Les "exposés" s'introduisent quand on fragmente la période d'incubation qui cesse alors d'être l'unité de temps.

Avec le modèle Reed et Frost ces 2 hypothèses sont non satisfaites comme il est facile de le montrer. C'est ce qui fait tout l'intérêt du modèle Reed et Frost car en pratique ces 2 hypothèses ne sont certainement pas du tout satisfaites.

De plus, avec Reed et Frost, les cases "Exposés" et "Guéris"  deviennent inutiles car les nombres d'exposés et de guéris n'interviennent que par leur somme elle-même ajoutée au nombre d'infectés (contagieux) pour calculer le nombre de susceptibles qui est en fait :

Susceptibles = population totale - contaminés - résistants (naturels ou après vaccination)

Les contaminés se déclinent au présent (les contagieux), au passé (les guéris) et au futur (les exposés  qui sont ceux en incubation) mais ces distinguos n'interviennent pas dans la modélisation par Reed et Frost.

On peut aisément illustrer la problématique des modèles par systèmes différentiels quand la durée de la contagion est supérieure à celle de l'incubation :

Rinçage d'un bassin

On envoie 3 litres d'eau à la minute dans un bassin et il s'en écoule 1 litre par minute. La première goutte d'eau entre dans le bassin au temps zéro pour en ressortir aussitôt. La dernière goutte du premier litre entre au bout de 20 secondes pour en sortir au bout d'une minute. Elle sera donc resté 40 secondes dans le bassin. La dernière goutte du troisième litre entre au bout d'une minute pour en sortir après 3 minutes. Elle y sera resté 2 minutes. Le temps passé dans le bassin pour les gouttes correspond à la durée de la contagion pour les malades. Si elle n'est pas du tout uniforme il sera impossible de la rendre égale pour tous les contagieux.

Ainsi, avec un modèle par systèmes différentiels type SIR et une durée de contagion voulue  égale à 3 fois celle de l'incubation, des contagieux peuvent le rester pendant 20 périodes d'incubation comme j'ai pu le mettre en évidence sur une publication internet qui a été retirée après que j'en ai eu informé les auteurs...

Les auteurs avaient traduit l'hypothèse d'une durée triple pour la contagion par la guérison du tiers des malades en cours, soit 3 fois moins de "débit" à la sortie (la guérison) qu'à l'entrée (quand on devient contagieux).

En fait, sous les hypothèses 1 et 2 énoncées plus haut il est impossible d'avoir une durée de contagion uniforme pour tous. Ces modèles sont donc incohérents. Ils ne seraient acceptables, de ce point de vue, que si la durée de contagion et d'incubation étaient égales. Malgré cela, les hypothèses 1 et 2 restent  sans doute non réalisées en pratique.

Les modèles par systèmes différentiels à la poubelle ?

C'est ce qu'il faudrait avoir le courage de faire pour ne les garder qu'à titre pédagogique et historique dans le but de montrer pourquoi ils ne sont pas du tout satisfaisants. On peut les remplacer plus qu'avantageusement par les modèles Reed et Frost remarquablement adaptables, permettant une traduction immédiate de nombreuses hypothèses et dont la résolution est aisée à programmer.

Mais cette commodité des modèles Reed et Frost joue en leur défaveur car ils ne sont pas assez valorisant : un système différentiel ça impressionne, aussi ça pose son homme ! "Voyez, nous les épidémiologistes, nous sommes capables d'utiliser des systèmes différentiels ! " Pour les enseignants au lycée c'est un moyen de valoriser leur enseignement des mathématiques : "vous vous rendez compte, avec ces équations on peut suivre l'évolution des épidémies de grippe et autres, impressionnant ! Mais c'est difficile donc il faut travailler."

Avec Reed et Frost c'est beaucoup plus facile mais en discontinu, ce qui est moins prisé qu'en continu. On a un système de suites qui, comme me le disait un collègue, fait ringuard par rapport à un système différentiel ... La nature humaine ne change pas ...

 

Mise en équations différentielles 

Par hypothèse les modélisateurs supposent que le nombre de nouveaux infectés (contagieux) apparus entre l'instant t et l'instant t+h est proportionnel à la fois au nombres I(t) d'infectés et de susceptibles au temps t, soit : I(t+h)-I(t)=f(t,h)S(t)I(t). On peut expliciter la fonction f(t,h=[I(t+h)-I(t)]/S(t)I(t) qui apparaît comme une fonction des 2 variables indépendantes t et h. En utilisant le fait que f(t,0)=0 on peut écrire : [I(t+h)-I(t)]/h=S(t)I(t)[f(t,h)-f(t,0)]/h. A la limite quand h tend vers 0 on obtient la dérivée de I(t) en t ainsi que la dérivée partielle de f par rapport à h au point (t,0). Soit dI/dt=[∂f(t,0)/∂h]S(t)I(t). Les modélisateurs supposent que la valeur au point (t,0) de la dérivée partielle ∂f(t,0)/∂h est indépendante de t, ce qui permet une mise en équation et sa résolution au moins numérique. Mais personne ne vérifie que les solutions trouvées satisfont aux hypothèses utilisées pour y parvenir.

D'ailleurs ils n'écrivent pas tout cela, sinon ils verraient sans doute le problème. Ils disent que sur une durée très courte h l'accroissement est proportionnel au produit SI ce qui revient à admettre que f(t,h) est seulement fonction de h et non de t. On a donc seulement une fonction de la variable h qui admet en 0 une dérivée df(0)/dt qui est un nombre. Difficile de parler de ''théorème'' dans ces conditions ...

La formule de Hamer qui préside à cette mise en équation donne CIS/N pour le nombre de nouveaux  contagieux engendrés par les I contagieux actifs, N étant le nombre total d'individus et C le nombre de vrais contacts. Si on écrit cela sous la forme CI/NxS/NxN on met en évidence CI/N et S/N qui sont les probabilités pour un individu d'être contaminé et d'être susceptible. Leur produit est interprété comme étant la probabilité d'être à la fois contaminé et susceptible, les 2 conditions pour devenir contagieux. La multiplication par N de cette probabilité donne alors le nombre moyen de nouveaux contagieux. MAIS, cette écriture suppose que les événements être contaminé et être susceptible sont 2 événements indépendants. Ou encore que les événements être contaminé et être immunisé sont indépendants. Quand on veut modéliser l'évolution autonome de l'épidémie (sans immunisations autres que celles provoquées par la maladie) les immunisés sont les anciens malades. Cela revient à dire que les contaminations doivent se faire de façon aléatoire dans le groupe.

La formule de Hamer résulte de celle de Reed et Frost quand C/N et I sont faibles. La quantité 1-(1-C/N)^I est alors proche de CI/N.

 En Physique, les mises en équations se font sur le même principe mais, pour la décharge du condensateur par exemple, les charges électriques circulent avec une échelle de temps et une succession des charges qui n'a rien à voir avec celles de l'apparition de nouveaux malades. Aussi cela est plus acceptable.

On peut consulter "Modélisation mathématique en épidémiologie"

Page 162 :
« Dans un cadre déterministe, les équations différentielles constituent l’outil mathématique idéal pour décrire des modèles en compartiments. »

Ansi que : http://www.annales.org/re/2008/re51/Boelle.pdf 

Un diaporama d'Antoine Flahault :

http://www.college-de-france.fr/media/mic_mal/UPL13576_S_minaire_Antoine_Flahault.PDF

Ou encore :

http://graduateschool.agroparistech.fr/site.php?id=59&fileid=129

Modèles pour les élèves :

[1]  http://media.eduscol.education.fr/file/MPS /23/5/LyceeGT_Ressources_2_Exploration_MPS_5-3_epidemiologie_152235.pdf

 

Le rhinovirus plus dangereux que le H1N1 pandémique !

 C'est ce qui résulte des analyses conduites au Canada où 59% des cas sévères de syndromes grippaux étaient dûs à des rhinovirus ou des entérovirus contre seulement 7% au H1N1 pandémique.

Cette étude a été menée dans la province d'Ontario au Canada entre le 1er juillet et le 31 décembre 2009, donc en pleine période dite pandémique.

Elle a été réalisée par ''The Ontario Public Health Laboratory'' et portait sur 297 infections respiratoires sévères ou prolongées pour lesquelles une analyse virale avait été demandée par des médecins. Un pathogène a été identifié pour 234 de ces prélèvements et le tableau 1 de la publication [1] récapitule les résultats que voici  :

174 (58,6% des 297 cas étudiés) correspondaient à des entérovirus ou rhinovirus.

22 pour l'influenza A de type H1N1 2009 (7,4%)

26 aux para-influenza de types 1, 2, 3 ou 4 (8,75%)

2 au métapneumovirus

2 au  virus syncytial A ou B.

Le virus syncytial est responsable des bronchiolites. Les rhinovirus sont particulièrement adaptés aux voies nasales et sont le principal agent causal du rhume et de la rhinite. Ces virus sont extrêmement résistants dans l’environnement et peuvent survivre longtemps sur une surface inerte. Pour plus de précisions on peut consulter Wikipédia.

De même pour les para-influenza dont Wikipédia donne les informations suivantes :

« Les infections à virus para-influenza sont assez peu connues du grand public, elles constituent cependant, avec le virus respiratoire syncytial (RSV), une des causes principales d'hospitalisation des nourrissons. Ces infections peuvent également avoir des conséquences graves chez les personnes âgées et les patients immuno-déprimés. Les répercussions économiques dues à ces virus commencent seulement à être mesurées.  Aucun traitement efficace n'existe. Il n'existe pas de vaccin. »

Ajoutons qu'il y a eu 13 décès dont 4 ont été associés au rhinovirus. Des données cliniques sont disponibles pour 7 de ces 13 décès. Six d'entre-eux ont été attribués à une pneumonie ou une infection respiratoire.

Pour résumer, le rhume aurait été beaucoup plus dangereux que la grippe pandémique !

[1] http://www.cdc.gov/eid/content/16/9/PDFs/10-0476.pdf

 

 

Grippe 2011 : retour aux recommandations vaccinales saisonnières

Analyse de l'épidémie de grippe dans un nouvel article :

" Prévisions grippales : le réseau Sentinelles jette l'éponge !"

Les principaux protagonistes de la vaccination pandémique ont été ses plus zélés adversaires :

  Roselyne Bachelot à la télévision :

« CEUX QUI NE SERONT PAS VACCINÉS VONT MOURIR  !!! »

Si les les Français ont boudé la campagne de vaccination, ce n'est pas tant parce qu'ils auraient eu peur du vaccin mais parce qu'ils n'ont pas eu peur de l'épidémie.

Suivi de la grippe chaque semaine le mercredi soir sur ce blog :

http://questionvaccins.canalblog.com/archives/2011/01/14/20111698.html 

Dans son dernier avis du 24 septembre 2010 le HCSP (Haut conseil de santé publique) limite ses recommandations vaccinales pour l'hiver 2010-2011 aux recommandations habituelles pour la grippe saisonnière et suspend les recommandations complémentaires formulées dans son avis du 25 juin 2010.

Autrement dit, c'est bien la fin de la pandémie et le retour à ''la normale''.

Les personnes visées par les recommandations ''saisonnières'' sont :

1- Les personnes de plus de 65 ans.

2- Les personnes d'au moins 6 mois présentant des facteurs de risque pour la grippe saisonnière, y compris femmes enceintes, dysfonctionnement du système immunitaire.

3- Personnes d'au moins 6 mois infectées par le VIH quel que soit leur statut immuno-virologique.

4- Entourage familial des nourrissons de moins d e6 mois avec facteurs de risque de grippes graves.

5- Professionnels de santé et d'autres professions.

 

Dans son avis du 25 juin le HCSP avait ajouté :

6- Toutes les femmes enceintes.

7- Personnes atteintes de maladies endocriniennes et métaboliques susceptibles d'être décompensées par une infection aiguë, lors d'une grippe pandémique.

8- Personnes ayant une obésité avec un indice de masse corporelle supérieur ou égal à 30.

L'avis du 24 septembre suspend donc ces 3 dernières recommandations.

Cette décision repose sur la suspension par l'OMS de l'état de pandémie et sur les observations faites dans l'hémisphère sud en Australie, Nouvelle Zélande, Chili, Nouvelle Calédonie, île de la Réunion. L'avis note en particulier :

« Plusieurs virus grippaux ont circulé : A(H1N1) 2009, A(H3N2) ou B dont la prépondérance variait selon les pays. Les données disponibles sont encore très parcellaires mais ne sont pas en faveur d’une gravité particulière par rapport aux épidémies grippales saisonnières antérieures »

On peut aussi lire le document InVS sur les grippes dans certains pays de l'hémisphère sud :

http://www.invs.sante.fr/international/notes/ah1n1_hemisphere_sud_140910.pdf 

Voir aussi mon article sur la prédominance actuelle (6 janvier 2011) du virus de type B en France

Vaccination H1N1 et narcolepsie : la France frappée à son tour

Après la Suède et la Finlande, la France est elle aussi touchée par la maladie du sommeil avec 6 cas de narcolepsie déclarés à l'Afssaps chez des sujets qui avaient été vaccinés contre la grippe H1N1, 5 par Pandemrix et 1 par Panenza..

 

Ces cas sont-ils apparus récemment ou est-ce que ce seraient les cas suédois et finlandais qui auraient incité des médecins français à les déclarer ? Impossible de savoir pour le moment.

Lire le communiqué de l'Afssaps

Affaire à suivre ... Espérons qu'on ne nous endormira pas trop...

Dernière minute (31 décembre 2011)

La Suède et la Finlande confirment et amplifient.

 

D'après Orange Actualité de ce matin 27 août, 9h26, nous avons des réponses à certaines questions posées :

« Il s'agit, comme dans d'autres pays, de vaccinations qui remontent à plusieurs mois », a précisé Carmen Kreft-Jais de l'Afssaps.

"Dès lors que l'attention est attirée par un signal+ +  -lancé par la Suède il y a dix jours - les cas de narcolepsie, qui se trouvent aux mains des neurologues spécialistes de cette maladie, remontent vers l'Afssaps", ajoute-t-elle pour expliquer que ces cas aient été signalés à l'Afssaps seulement lundi.

Voir aussi Le Parisien. 

Après les 6 premiers cas en Suède il a été déclaré 6 cas en Finlande, 4 nouveaux cas en Suède :

"Suite à cette annonce, six cas de narcolepsie ont été observés en Finlande, quatre nouveaux cas en Suède et six cas en France, dont un survenu après l'administration de Panenza, autre vaccin utilisé contre la grippe A (H1N1)."

Voir aussi Echo Nature.

A quoi peut-on s'attendre ? Qu'il soit affirmé "qu'après étude, le lien avec la vaccination n'a pu être établi", ce qui sera aussitôt traduit par "il n'y a pas de lien". Il y a des précédents...

La narcolepsie avec cataplexie est une maladie rare caractérisée par des accès de sommeil dans la journée associés à de brusques relâchements du tonus musculaire, déclenchés par une forte émotion :

“ Je peux m’endormir à tout moment, un peu partout”, explique cet enfant suédois qui souffre de narcolepsie. “ Je peux même m’endormir en voiture quand le trajet dure moins de deux minutes”.

Notons aussi que la Finlande a suspendu l'usage du Pandemrix.

Grippe H1N1 : le très intéressant rapport du Sénat

Additif (2 novembre 2010)

Voir aussi les résumés des communications faites au colloque du 22 octobre 2010 présidé par le professeur Claude Hannoun ''Pandémie grippale : comment anticiper l'imprévisible ?''

Fin de l'additif

Le rapport très attendu du Sénat sur la grippe H1N1 est en ligne depuis le 5 août 2010 :

http://www.senat.fr/rap/r09-685-1/r09-685-1_mono.html

ou encore sous la présentation d'un volume 1 :

http://www.senat.fr/notice-rapport/2009/r09-685-1-notice.html

et d'un volume 2 :

http://www.senat.fr/notice-rapport/2009/r09-685-2-notice.html

Il paraît très intéressant mais est, forcément, très long. Pour le moment, je relève d'abord ici ce paragraphe sur l'utilité des campagnes de vaccination réalisées en urgence.

On peut aussi lire l'analyse faite par Jean-Yves Nau (journaliste au Monde) sur son blog .

A lire aussi, sur PharmaCritique, l'article et le forum qui suit sur les conflits d'intérêts et ces auditions parlementaires.

« Les limites de l'efficacité des campagnes de vaccination

Les délais de mise à disposition des vaccins

En dépit de la rapidité de diffusion de l'épidémie, les pays européens se sont trouvés, au moment du déclenchement de la pandémie, dans les meilleures conditions de délai possibles pour espérer pouvoir lancer la production de vaccin avant d'être gagnés par une pandémie qui avait débuté en mars-avril au Mexique et au Sud des Etats-Unis et qui s'est d'abord propagée dans l'hémisphère Sud.

Cependant, en dépit des mesures qui avaient été prises pour hâter leur mise sur le marché, les vaccins ont été disponibles trop tard pour qu'on puisse en attendre un « effet barrière » et dans certains cas peut-être, même pour pouvoir assurer une protection individuelle efficace^163(*).

Ainsi, au Royaume-Uni, le vaccin est arrivé après la première poussée épidémique survenue pendant les mois de juin et de juillet et, compte tenu du grand nombre des cas peu symptomatiques ou asymptomatiques, il est probable, comme l'a noté le rapport d'évaluation sur la gestion de la pandémie H1N1 au Royaume-Uni, qu'ont été vaccinées à l'automne des personnes qui avaient déjà eu la grippe en juillet.

En France, la vaccination a débuté trop tard pour que les premiers vaccinés soient immunisés avant le début de la vague épidémique (qui a connu son pic pendant la deuxième moitié de novembre), notamment les enfants, qui devaient recevoir deux injections.

L'incidence des stratégies vaccinales sur le taux d'attaque et le nombre des cas graves ou mortels est par ailleurs difficilement décelable, d'autant plus que l'on ne dispose pas de chiffres fiables et encore moins comparables sur le nombre de personnes atteintes - ni même sur celui des cas graves.

Si l'on s'en tient au nombre des décès - celui pour lequel les comparaisons internationales sont sans doute les moins hasardeuses - on constate, sur la base des chiffres rassemblés à la fin d'avril par l'ECDC, que le taux de décès est moins élevé en Pologne (181 cas mortels pour 39 millions d'habitants) qu'en France métropolitaine (312 cas mortels pour 62 millions d'habitants).

De même, la Suède (9,5 millions d'habitants), qui a vacciné quelque 65 % de sa population, comptait 29 décès à la mi-décembre alors qu'il n'y en a eu que 18 en Suisse (7,7 millions d'habitants et un taux de vaccination évalué entre 15 et 30 %) et 19 en Belgique (12,6 millions d'habitants et un taux de vaccination estimé - sans doute largement - à 6 % de la population). »

J'ai aussi noté ce passage que je ne peux qu'approuver :

« Les modèles mathématiques 

Proposition n° 4 :
Améliorer la capacité française en matière de modélisation mathématique des problématiques sanitaires. 

Au-delà même de ce problème de compréhension par les autorités de ce qu'est un modèle, l'absence de corrélation entre les estimations modélisées et la réalité constatée est frappante : l'estimation la plus optimiste du modèle InVS-INSERM s'est révélée près de vingt fois supérieure à la mortalité réelle.

Deux causes ont sans doute concouru à ce décalage.

Tout d'abord, comme le soulignait M. Jean-Claude Manuguerra, président du CLCG, la France ne compte que peu d'équipes susceptibles de construire des modèles. L'expertise nationale est donc sur ce point, faute de concurrence et d'émulation, sans doute insuffisante, et les autorités sanitaires sont dépendantes d'un petit nombre de modèles, ce qui réduit les chances que celui qu'elles retiennent prenne en compte tous les facteurs pertinents et permette des décisions adéquates.

De plus, un modèle n'est qu'une théorie, dépendante des paramètres initiaux que ses auteurs ont choisis. La détermination des paramètres pertinents est donc essentielle : c'est en prenant en compte des éléments extérieurs au modèle lui-même que l'on peut tenter de déterminer, entre les scénarios possibles, celui qui paraît le plus probable. Or, en l'occurrence, malgré leur volonté de tenir compte de données expérimentales, les auteurs des modèles n'ont pas envisagé l'hypothèse selon laquelle le virus A (H1N1)v pourrait se révéler moins virulent que celui de la grippe saisonnière ou que ses cibles au sein de la population seraient immunologiquement plus résistantes. C'est cette erreur d'appréciation initiale qui explique le fort décalage entre leurs estimations et la réalité. »

Et aussi cette partie qui confirme et renforce la précédente :

« Un consensus paralysant

Proposition n° 7 :
Assurer la publication de l'ensemble des avis formulés par les experts avec indication du détail des votes. 

« Mais cela a eu pour conséquence involontaire d'écarter les procédures par lesquelles un débat critique peut plus facilement s'instaurer, et a renforcé une dynamique de consensus qui n'était pas propice à l'examen critique systématique des données »

 

« Un élément susceptible de réduire le risque d'une unanimité de façade est de publier systématiquement les avis des instances d'expertise accompagnés du détail des votes qui ont éventuellement eu lieu. Cette publication permettra aux autorités publiques de mieux saisir les sujets de débat entre experts et si elles le souhaitent, d'approfondir ces questions. » 

C’est d’autant plus intéressant que certains voudraient au contraire prôner le consensus de façade à tout prix pour éviter que ce qu’ils appellent le public s’interroge et cesse d’être un simple public pour devenir un acteur, péril encore plus redouté par certains que la pire des pandémies…

Il me semble même, mais je n'ai pas encore pris le temps de vérifier, que le rapport Assemblée Nationale prônait au contraire l'unanimité absolue de façade pour ne pas troubler le public. En tout cas c'est le point de vue de certains.

Pas mal pour des sénateurs.

En annexe du rapport on trouve aussi des contributions de parlementaires dont j'extrais ceci :

« LES FONDEMENTS DE LA DECISION

Les bases scientifiques

Concernant les modèles d'expertise utilisés, l'audition du professeur Antoine Flahault nous a semblé particulièrement instructive et aurait peut-être mérité que l'on s'y arrête un peu plus.

Ce denier a déclaré à la commission d'enquête : « Contrairement aux modèles utilisés en astrophysique ou en météorologie, dont la précision prédictive est bonne, les modèles réalisés dans les secteurs économique et épidémiologique sont plus aléatoires, dans la mesure où ils font intervenir des facteurs humains moins aisément prévisibles ».

Les modélisations destinées à prévoir les scénarios d'évolution des pandémies manquent effectivement de solidité. Appliqués à des domaines où le nombre de données fiables disponibles est particulièrement faible par rapport au nombre de variables prises en compte dans leur construction, ces modèles relatifs à la diffusion du virus ne doivent pas être utilisés pour asseoir une politique de prévision en matière de santé.

Ils ne peuvent être que des hypothèses mises en forme et les prédictions qui en découlent restent pleines d'incertitude quant à leur relation avec la réalité.

Le professeur Ulrich Keil a complété ce diagnostic en évoquant, pour expliquer le décalage abyssal entre les chiffres annoncés par certains épidémiologistes et ce qui s'est passé, « la confiance excessive des spécialistes dans des théories extrapolées à partir de maigres données ».

Cet état d'esprit a permis le développement de la croyance, reprise, amplifiée puis partagée par la quasi-totalité de la communauté scientifique, en la survenue d'une catastrophe pandémique à venir, nouvelle forme de millénarisme dont les conséquences se sont avérées très coûteuses pour la société.

De même, la théorie dite de la « seconde vague » a été mise en avant par certains experts auditionnés ; cette hypothèse, qui n'est pas nouvelle puisqu'elle date des années 1950, repose sur l'idée qu'un nouveau virus pandémique, après avoir infecté une première fois la population humaine mondiale, muterait pour devenir beaucoup plus virulent encore et frapper une seconde fois de façon beaucoup plus meurtrière.

Elle ne s'est pourtant pas vérifiée dans les faits et a de quoi être mise sérieusement en doute :

- tout d'abord d'un point de vue purement logique, car un virus qui arrive dans une population naïve ne subit pas de pression de sélection en raison du peu de résistance rencontrée et n'a pour cette raison aucune raison de muter ;

- ensuite si l'on se réfère à un article écrit par J. K. Taubenberg et D.M. Morens et publié dans la revue Journal of American Medical Association (JAMA), on apprend qu'« il existe peu de preuves solides de l'existence de vagues épidémiques ou pandémiques dans le passé. Dans les zones tempérées, la tendance générale observée pour les pandémies démontre qu'elles se calent rapidement sur la saisonnalité. La distinction entre les occurrences postpandémiques et les récurrences endémiques saisonnières semble disparaître dès lors que l'immunité de groupe augmente avec le temps et que le virus connaît une variation antigénique ». Dès lors, la théorie de l'existence de vagues, née d'observations faites au cours de la pandémie de 1918, ne s'est jamais vérifiée par la suite, notamment lors des deux autres pandémies qui ont suivi en 1957-1958 et 1968-1969.

Antoine Flahault, dans un entretien qu'il accorde au Quotidien du médecin, apporte des informations qui vont dans le même sens en confirmant qu'« en 25 ans, le réseau Sentinelles n'a pas eu à connaître de seconde vague » et qu'en définitive, « seule la mutation du virus [permet] de signer la fin définitive de la pandémie ».

- enfin, d'après le travail d'historiens mené par J.M. Barry, C. Viboud et L. Simonsen, il apparaît qu'en cas d'épidémie modérée, le mieux est probablement de ne rien faire, de telle sorte que le premier contact avec le virus permette à la population de bénéficier ultérieurement d'une protection naturelle efficace. »

Et encore ceci :

« LES LIMITES DE LA VACCINATION ANTIGRIPPALE

Le rapport de l'Assemblée nationale relatif à la grippe aviaire publié en 2006 remarquait : « Les moyens médicaux nous renseignent peu sur notre capacité de résistance face à la crise : les médicaments antiviraux sont en effet d'utilisation complexe, voire même incertaine, les vaccins n'arriveront pas dans le premier temps de la crise ».

Ces prévisions se sont intégralement vérifiées lors de cette expérimentation grandeur nature qu'a pu constituer cette pandémie même si, comme on le répète souvent, elle n'était pas celle qu'on attendait. On a pu observer en effet non seulement que les antiviraux étaient toujours aussi controversés, mais surtout que la vaccination n'avait eu aucun « effet barrière » ainsi qu'un effet marginal, voire nul, sur le plan individuel.

Malgré les délais dont disposaient les pays de l'hémisphère Nord, le virus ayant eu la délicatesse de contaminer l'hémisphère Sud avant le nôtre, les vaccins sont arrivés trop tard : les premiers vaccinés n'ont été immunisés qu'après le pic pandémique.

On constate par ailleurs que cette vaccination n'a en rien modifié le profil de la pandémie dans les pays où elle a été pratiquée, quel que soit le schéma vaccinal adopté. Mieux, la létalité n'est pas plus importante dans les pays de l'hémisphère austral - qui n'ont pas pu en bénéficier - qu'en Europe.

Il ne s'agit pas de mettre en cause l'utilité de la vaccination dans une pandémie grippale, mais de s'interroger sur les conditions de sa mise en oeuvre afin d'obtenir la meilleure efficience possible.

D'une manière générale, la vaccination antigrippale ne doit pas être mise sur le même plan que les vaccinations contre la variole ou la poliomyélite, qui sont dues à des virus susceptibles d'être éradiqués, car la grippe est une maladie qui ne pourra jamais l'être et qui nécessite un renouvellement annuel de sa vaccination. Il est par conséquent problématique de l'envisager pour des enfants déjà fortement sollicités, une vaccination supplémentaire itérative n'étant pas sans conséquence à terme sur le système immunitaire.

Quand on sait par ailleurs que son efficacité est très mal documentée chez les sujets de plus de 65 ans, qui en sont les principaux destinataires, on peut se demander s'il ne faudrait pas revisiter cette idée reçue selon laquelle la vaccination est le moyen le plus efficace et le moins coûteux de prévention contre la grippe. Il est évident qu'une telle étude ne pourrait être confiée qu'à des experts insoupçonnables et impartiaux. On sait qu'ils ne sont pas légion, c'est pourquoi une telle étude a de grandes chances de tarder à venir. »

 

A suivre...